朱培德早年毕业于云南讲武堂。武昌起义后，参加护国讨袁战争，任护国第二军第二十五团团长，率部参加源潭大捷。后晋升为少将团长和羊城（广州）攻略军司令。
朱培德，字益之，原籍云南安宁，１８８８年１０月２９日，出生于云南省盐兴县元永井。其父朱秉堃为安宁举人，因受聘出任广通县（今禄丰县）元永井山长，而将其家小由安宁迁往元永井定居。朱培德７岁时，其父不幸去世，朱培德及其长兄朱润德、三弟朱树德，由叔父朱秉鉴接回祖籍安宁，先读私塾，后上高等小学至毕业。
朱培德高等小学毕业后，随即考入云南陆军第十九镇随营学堂，接受军队教育，时年１８岁。１９０９年，云南陆军讲武堂开办，朱所在的随营学校并入其中，为第二期丙班。所以，朱培德是云南讲武堂的第一批学员。同期学员还有毕业之后前期经历类似，关联甚多，而以后道路各不相同的朱德和范石生。在丙班的同学中，朱培德与朱德两人成绩最好，学习与技术，每次考核都获优秀，是丙班的两名佼佼者。因此，凡有外宾到校参观，学校当局均指定朱培德和朱德两人作为学生代表出来指挥军事表演。在讲武堂，便有“模范二朱”之称。
朱培德在云南讲武堂内接触到民报等大量宣传革命思想的刊物，由衷敬佩孙中山的事业，立志要推翻腐败的封建制度及其代表清王朝。其时，同盟会云南支部甚为活跃，在讲武堂中做了大量工作，于是他秘密加入了中国同盟会，走上了追随孙中山，参加资产阶级民主革命的道路。修完普通科目后，朱培德到部队实习，即开始在士兵中宣传革命思想。
１９１１年，武昌起义爆发后，云南同盟会支部积极酝酿响应，推举蔡锷为起义军临时总司令。１０月３０日，蔡锷与同盟会云南支部长李根源领导了反清的昆明武装起义。为充实兵员，增补军官，丙班提前毕业，分配到各部队担任下级军官。朱培德被分配到滇西巡阅使李根源部担任排长，旋升任连长、营长，先后驻防于腾冲、大理地区。
辛亥革命胜利之后，朱培德辞去军职回云南陆军讲武学校第四期乙班步兵科继续深造，于１９１４年以最优等第一名毕业，旋升任杨蓁部第七团二营营长，曾率部驻思茅、普洱一带条件艰苦的边界地区。
１９１５年，袁世凯图谋称帝，激起全国反对。１２月２５日，蔡锷、李烈钧、唐继尧等人在昆明发动了举世瞩目的护国起义，组织护国军，征讨袁逆，恢复共和制度。蔡锷为护国军第一军总司令，率部入川；李烈钧为护国军第二军总司令，率部入桂，转战广东；唐继尧以云南都督兼护国军第三军总司令，留守云南，相机行动。
李烈钧的护国军第二军于１２月２６日在昆明正式组建，李烈钧是朱培德在云南讲武堂的教官，二人有师生之谊。朱培德出任该军第二梯团第一支队队长。护国第二军于１９１６年２月２０日，由昆明出发，取道蒙自，东出开化、广南，进入桂粤。朱培德由营长升任支队长，深感责任重大，率部出师，更加谨慎。处处以身作则，出师以后，很快就成为第二梯团方声涛部的主力。
出师两广的云南护国第二军，经过龙潭战役，在节节胜利的形势下，经百色、穿南宁、过梧州、入粤境，而于５月１２日抵达各路护国讨袁主帅的会聚地——广东省的重镇肇庆。
在护国第二军抵达之前，两广总督岑春煊即于５月１日在这里成立两广护国军都司令部。同年５月８日，由梁启超发起，在这里成立反对袁世凯称帝的军政机关——军务院，公推云南都督唐继尧为抚军长，岑春煊为副军长，梁启超为政务委员长，章炳麟为秘书长。军务院成立后，代表已宣布独立的滇、黔、川、粤、桂五省，行使反袁护国领导权。
护国第二军到达肇庆后，朱培德支队奉命改编为该军第二十五团，由朱培德担任团长。护国第二军在肇庆休整之后，即按原定计划，进入广东腹地，准备荡平逆流，再转湖南，进击湖北。朱培德率领第二十五团官兵，奉命随军前往。
总司令李烈钧为了铲除袁氏余孽，率护国第二军由三水转向北江，并经记芭、清远，进攻广东的北大门——韶关。袁世凯的残余势力，为了使广东变成反攻护国军的核心基地，对韶关的防守极为严密。护国第二军进攻韶关，可以说是继龙潭之后的又一次最大的恶战。
护国第二军的进攻战术是分兵合击，两路夹攻。张开儒梯团从英德县进兵，直逼韶关；方声涛梯团，则由朱培德指挥，率领他的第二十五团和张怀信的警卫混成支队，消灭策应韶关的敌军、清远与琶江口之敌。朱培德指挥的第二梯团，大军所指，敌望风披靡，进抵清远县、琶江口那里的守敌一个营，不战而降。朱培德将其收编，胜利完成了既定的作战任务。
青年朱培德
张开儒率领的第一梯团，抵达韶关附近，则遇到了南韶连（南雄、韶关、连县）镇守使朱福全部的顽强抵抗，难于前进。张开儒梯团长急调鲁梓材炮兵营前来。鲁梓材系云南江川人，接到命令后，迅速率部奔赴进攻阵地，他自己亲手瞄准射击，其中一炮击中守城敌军的兵营。一炮击中城内南韶连镇守使署，一炮击中韶关城门，使守敌顿时惊慌失措，而不得不放下武器，缴械投降，镇守使朱福全被生俘。所谓“滇军一炮定韶关”，便由此成为护国滇军的光荣而载入史册。
朱培德出师以后，指挥有方，作战英勇，奉命率部任攻打源潭援敌的主攻任务。朱培德接受命令后，率领所部向源潭援敌攻击。正义之师，无往不前，源潭战斗，朱培德部非常勇敢，不顾一切牺牲，一直往前猛攻，使数倍于我之敌，很快就被冲击得溃不成军，夺路逃命，纷纷向广州方面撤退，途中被生俘者不计其数。至军田一带，又被朱培德的追击部队抓到２０００多名。
这批被俘官兵，多系龙济光从云南带出去的哈尼族兄弟，他们对朱培德没有什么恶感，后来全部都编入了护国第二军。龙济光的援军总司令李文选，在源潭战斗中被当场击毙。源潭大捷，是出师讨袁的又一次重大胜利，更是以少胜多的战例。
源潭大捷，朱培德功劳卓著，晋升为少将团长和羊城（广州）攻略军司令。他的部队继续向花县推进，追击龙济光残部。先克新街，继破江村，直追至石围墙一带，奉命停止追击，始与龙军残部保持隔江对峙状况。为护国第二军全线挺进，创造了重要条件。
护国战争胜利后，朱培德升任旅长，随军驻守广东。后又伸护法靖国之义，参加护法战争，屡立战功，打败龙济光，移师湘、粤、桂边界。
１９１６年３月，袁世凯在护国军的沉重打击下和全国人民唾骂声中，宣布取消帝制。６月，袁世凯可耻地死去，护国战争取得了完全的胜利。７月６日，北京政府下令广西的陆荣廷为广东省都督，而命护国讨袁的主将之一李烈钧回京候用，引起社会公愤，认为政府用人不公，李烈钧遂于８月１０日，通电解甲离粤，而告别了护国滇军第二军。
李烈钧离开广东以后，云南都督唐继尧即将护国滇军第二军两梯团扩编为两个师，并按云南的军队序列编制，分别为三、四两师。第三师师长由张开儒升任，第四师师长由方声涛升任，朱培德则升任第四师第七旅旅长。然而，由梯团扩编为师以后，护国滇军第二军即奉命统归莫荣新护国第四军（桂军）指挥，只是仍叫驻粤滇军。
张开儒第三师驻南韶连管区，镇守韶关军事重镇。方声涛第四师驻守当时的革命中心广州。朱培德第七旅也就随方声涛驻守广州。
护国讨袁的胜利，并没有达到全国统一的目的，段祺瑞的南北议和主张，更暴露出其取消革命的野心。孙中山看穿段祺瑞用心之后，坚决主张北伐，彻底摧毁袁世凯的复辟势力，巩固革命成果。而坚定地站在孙中山一边坚决拥护北伐的，在云南军队中，首先就推张开儒和朱培德。正如续云南通志长编·大事记八·靖国一中所记述的那样：“滇军护国军第二军之在粤诸将，如张开儒、朱培德，则始终忠于文。”
孙中山对于段祺瑞的倒行逆施，极为愤慨，及时在上海召集各方代表会议，议决声讨，并与海军总长程璧光一道，率领第一舰队南下，于７月１７日驶抵广州。随即联合南方各省，发动了波及全国的护法运动。
南下国会议员，在孙中山的亲自主持之下，在广州召开非常会议，组织军政府。这一革命举动，得到了南方各省的一致拥护，并公推孙中山为军政府大元帅，云南的唐继尧，广西的陆荣廷为元帅（唐、陆二人均未到职）。
１９１７年９月１０日，孙中山在广州正式就任军政府大元帅职。同时任命李烈钧为军政府参谋长，张开儒为陆军部长兼第三师师长及南韶连镇守使。不久，孙中山又组织靖国军，出师讨伐段祺瑞。
唐继尧在孙中山的主持下，被推为靖国联军总司令。他将驻川滇军顾品珍、赵又新一、二两师，改编为靖国联军第一、二两军；将驻粤滇军张开儒、方声涛三、四两师，改编为靖国联军第三、四两军；将驻守省内的庚恩旸、黄毓成两师，改编为靖国联军第五、六两军。
靖国各军组建后，方声涛又奉命出任援闽靖国总指挥，于１９１８年年初，率领任毓瑞第八旅、晋旭唐新编第九旅步兵第三团，配合粤军陈炯明部开赴闽南。留驻广州的靖国滇军第七旅（此时旅长已由张怀信升任）和二十一旅（旅长杨益谦）统由朱培德指挥，其任务主要是保卫军政府。
１９１８年２月，李根源在上海赋闲，应桂系将领首脑陆荣廷、莫荣新等人的邀请，前来广州。
李根源到达广州不久，唐继尧就委李根源为靖国联军第六军军长。同时下令撤销靖国联军第三、四两军番号，仍恢复原来第三、四两师建制，朱培德调回第七旅任旅长。三、四两师部队，统由李根源第六军指挥。
不久，朱培德、杨益谦等人又向唐继尧上书，“请以李根源为驻粤滇军总司令”，唐继尧接到朱、杨等人上书后，尊重二人的意见，及时予以加委。于是，李根源在朱培德、杨益谦等人的活动下，便取得了驻粤滇军总司令的头衔。
此时，北京政府代总统冯国璋任命国务总理段祺瑞为参战督办，下令出兵西南，向靖国军联军发动全面进攻。同时，冯国璋还任命刘存厚为四川督军，龙济光为两广巡阅使，从组织上否定孙中山军政府的合法地位，而从军事上对孙中山的军政府施加压力，这使孙中山的革命阵营面临一场严峻考验。
龙济光接到冯国璋的命令后，亲自率领退守海南岛的万余名残余部队，渡海重来。他们向孙中山的革命阵营猛扑。先陷雷州，续陷化州、高州，并进而攻破阳江，靖国联军中的南路桂军节节败退，而令军政府所在地——广州大为震惊。
为了粉碎袁氏余孽的复辟阴谋，打退北京政府的猖狂进攻，军政府在孙中山的支持之下，及时采取紧急措施，便命军政府参谋长李烈钧为前敌总指挥，迅速调动部队，发动反攻。
驻粤滇军总司令李根源，在李烈钧的指挥之下，相率以从。他以朱培德为梯团长，编第八旅杨益谦第三十三团为第一支队，编第七旅张怀信第三十八团为第二支队，编赵德裕第二十五团为第三支队，作为反击龙军的主力。同时，配合粤、桂两军中的魏邦平、林虎、刘志陆等部，向阳江出击。
朱培德夫妇结婚周年照
朱培德奉命之后，率领杨、张、赵三支队，日夜兼程，神速挺进，于３月攻克阳江，４月，收复高州、化州。至此，龙济光的复辟势力１万余众，已被朱培德的部队打垮，其中绝大部分缴械投降，仅剩一小部分，由龙济光本人率领，从水路败退上海，并由上海续天津逃遁。从此就再没有力量返回南方。朱培德在这一战中，则建立了赫赫功勋，一时轰动了广东全省。
段祺瑞的另一股复辟势力——吴鸿昌、丁效兰部，亦有１万余人，从江西潜入大庾岭，袭击广东的南雄。南雄是张开儒镇守的要地之一，突然遭到梯团出兵讨征。经过数天激战，终于将其粉碎，又一次获得了重大胜利，收复了南雄重镇。南雄是进出广东的南北交通要道，历来为兵家必争之地，朱培德梯团将其收复，意义非常重大。此役不仅夺获北洋军大量枪械辎重，而且彻底“粉碎了段祺瑞武力颠覆军政府的阴谋”。论功行赏，朱培德当为头功，驻粤滇军总司令部呈报唐继尧批准，升他为第四师代理师长。时年３０岁，始与本省大理人赵慧君女士在广州举行婚礼。军政府大元帅孙中山特同意为朱培德当证婚人。
随后，由于唐继尧态度的变化，驻粤滇军分裂为拥护唐继尧和拥护李根源的两派。唐继尧乃于１９２０年２月下令免去李根源驻粤滇军军长职务，任命李烈钧为滇军总司令，李根源拒不受命。于是，李烈钧、朱培德率领驻粤滇军之大部，退入湘南，后移驻湘、桂、粤边一带；李根源率领驻粤滇军之另一部后改名为“海疆军”，移驻海南岛。
移师川蜀，不幸革职。在孙中山重组军政府后，朱培德出任北伐第一军参谋长，率军入赣，不料陈炯明叛变，第一次北伐失败。孙中山回粤后，他又任大本营司令部参谋长。
１９２０年６月，朱培德奉命率领入湘滇军助谭延闿驱走北洋军阀窃居湖南督军要职的张敬尧。但是，在四川各派“联合起来，驱逐客军”和“川人治川”的形势下，驻川滇军已面临被赶走的危险。唐继尧为了增强驻川滇军的军事力量，以稳定局势，及时下令朱培德移师蜀川，支援顾品珍、赵又新驻川滇军。朱培德经过周密考虑，采取一师两用办法，将鲁梓材第五旅继续留在湖南，支援谭延闿彻底打败北洋军阀张敬尧，其他各旅由朱培德率领先行出发，开入四川，并命令谭梓材完成任务后，迅速由湖南开往四川。
决定作出后，朱培德率领部队经宝太到达湘西洪江集中整训。正在集训中，鲁梓材旅支援谭延闿于７月２７日在岳阳战败直系军阀张敬尧后，已赶到洪江师部驻地。在朱培德的统一指挥下，全师官兵离开洪江，向四川进发。经芷江入黔境，通过镇远、遵义、松坎等地，于１０月到达重庆。此时，川军熊克武联合各部川军，分路向成、渝地区及川南进攻，驻川的滇军第二军军长赵又新于１０月８日被打死于川南泸州城外，滇军全线溃退。
年年底，朱培德率部转战至四川綦江，到达綦江的当晚，朱培德突然接到唐继尧的急电，撤销朱培德第四师师长的职务，任杨益谦接替。
这一不知原委的突然撤职，在朱培德的一生中还是第一次。他以绝对服从的军人性格，立即卸任离开部队，然后取道重庆乘船由长江顺流而下，前往上海赋闲。
１９２０年年底，孙中山重返广州，重新组织军政府。１９２１年４月７日，孙中山在广州召开的非常国会两院联席会议上被选为非常大总统兼海陆军大元帅。为了着手北伐，首先需要清除桂系陆荣廷的势力，孙中山命令粤、赣、滇、黔各军出兵讨伐陆荣廷。
此时，云南的形势又有很大变化，原驻川滇军第一军军长顾品珍以滇军总司令名义夺取了云南政权，唐继尧被迫远避香港。孙中山对唐继尧十分器重，曾对他说：“非公不能承吾志。”乃命远在香港的唐继尧为副元帅，意欲让唐继尧来指挥军队，准备北伐，平定国乱。
但是，唐继尧的想法则与孙中山的意图相左，他要先定云南，然后从命。在孙中山到达广西桂林组织中央直辖滇、黔、赣、粤各军北伐时，唐继尧暗中指使由重庆退避桂林的杨益谦，率领第四师，打回云南，推翻顾品珍，重掌滇政。孙中山对唐继尧这一不合作的举动深表遗憾。为了实现北伐计划，孙中山只得委托李烈钧，致函在上海等待复出的朱培德到桂林面见总理。
朱培德接到李烈钧的函请后，立刻离沪登程，欣然前往。他取道香港，转赴桂林。抵达香港时，他不计较撤职之怨，以下级看望上级之礼，去看望唐继尧。
唐继尧见朱培德来看望自己，也特别高兴，便将准备回滇倒顾之意告诉朱培德。当时，朱培德还不知孙中山北伐意图，乃向唐继尧表示，到达桂林后，愿率第四师回滇，以效犬马之力。
唐继尧得到朱培德的明确表示后，即将储存在上海银行的百万元积年利息２０余万元巨款交给朱培德，请他带到桂林后，作为补发滇军欠饷之用。同时，还请朱培德担任回滇部队的总指挥。并介绍黄实（国会议员，后为朱培德的参谋长及江西省财政厅长）相随协助。朱培德接受任务后，与黄实一道，辞别唐继尧，离开香港，绕道长沙，前往桂林。
李烈钧得知朱培德转道长沙来桂林，派出大批公务人员，持他的亲笔信，自长沙至桂林，沿途设站欢迎。信中内容，主要是鼓励朱培德不要为挫折堕锐气，应本革命初衷，响应孙总理北伐号召，重展神威，为国立功，勿需回滇，受制于唐。言词真切，情感动人，使朱培德深受鼓舞。
朱培德抵达桂林，受到空前隆重的热烈欢迎。对李烈钧信中所言，极表赞同。他说：“宁愿当北伐的马前卒，不愿做回滇的总指挥。所言各情，皆出肺腑。”孙中山鉴于朱培德对国民革命的忠诚，委任他担任北伐滇军总司令。
朱培德就任之前，将从香港带回的２０余万巨款，遵照唐继尧的意见，全部分发下去，补欠旧饷，使在桂滇军官兵，无不为之叫好。与此同时，朱培德还利用各种机会，和原来的旅、团长们充分交换意见，说明北伐的重要，应放弃回滇打算，而受到普遍拥护。朱培德桂林之行，“补饷”、“叙旧”，力阻回滇，对稳定驻桂滇军情绪，壮大北伐力量发挥了重要作用。
１９２１年１１月４日，北洋军阀吴佩孚在武汉行辕召开长江联防会议，以苏、皖、赣、湘、鄂为联防区域，实行攻守同盟，以对抗孙中山的北伐义举。
孙中山经过周密的筹划和部署，于１２月１４日，在桂林召开军事会议，组织北伐大本营。并对北伐各军作新的调整，由李烈钧出任第一军军长，朱培德出任参谋长。第一军由朱培德率领的北伐滇军和彭程万率领的北伐赣军组成。许崇智为第二军军长，李福林为第三军军长，徐绍桢为大本营参军长，邓铿为大本营参谋长，胡汉民为大本营秘书。各项工作就绪后，即准备出师北伐。
北伐战线，原定从桂林出发，经湘南的零陵、衡阳、长沙、岳阳等地，出洞庭湖，直取武汉。１９２２年３月２１日，邓铿由香港抵广州车站时，被陈炯明部属所害。２６日，孙中山对陈炯明所为极为愤慨，在桂林大本营亲自主持召开紧急会议，认为陈炯明居心叵测，决定变更北伐计划，誓师回粤，征讨陈逆。
陈炯明知事已不妙，马上来电、来人，向孙中山承认错误，并表示坚决拥护北伐，同时愿负后勤补给全部任务。此外，还向孙中山表示，要将自己驻广州的部队全部撤往外地，等等。孙中山便认为，陈炯明既已承认错误，说明他已有悔改表现，应当既往不咎，须予信任，遂撤销回师广州计划，改由三水转向清远，从琶江乘火车直开韶关地区集中待命，然后改道江西北伐。孙中山本人则回广州，他的大本营移往韶关。
朱培德率领的北伐滇军，经清远抵达韶关后，于５月４日，即遵孙中山下达的北伐令，向江西进兵。
北伐军从广东韶关出师，分左中右三路。左路军为朱培德北伐滇军，兵力约七八千人；中路军为李烈钧所属彭程万北伐赣军约三四千人，黄大伟北伐粤军约两三千人；右路军为李福林北伐军约两三千人，梁鸿楷北伐军约七八千人；许崇智北伐粤军为总预备队。全部北伐军共有１３个旅，总兵力约三四万人。
朱培德率领的北伐滇军，奉命出发后，向大庾、信封等地攻击前进。到了青龙墟、黄龙墟一带，便与北洋军阀所属陈光远、周荫人等部展开激战，大获全胜。陈、周败退后，朱培德继续前进，攻入南康，与粤、赣两支北伐军会合，猛攻赣南重镇赣州城。守城敌军是陈光远所属方本红率领的３个旅计万余人。经半个月苦战，终于攻破了这座名城。攻破赣州城后，朱培德迅速率部向赣江右岸追击败逃之敌。当先头部队追击到樟树镇时，陈光远已率领残余部队退出了江西省。正当这北伐胜利在望之际，陈炯明于６月１５日，率领４０００多人，正式叛变革命，公然围攻总统府，并炮击孙中山的住地——观音山粤秀楼。孙中山离开总统府，登上永丰舰，驶进白鹅潭，还击叛军。同时下令北伐各军，回师广州，平定叛乱。于是，第一次北伐遂告失败。
朱培德接到孙中山讨陈的命令后，日夜兼程，回师广州。部队抵达韶关时，与陈炯明叛乱部队展开激烈战斗。北伐粤军许崇智、李福林、黄大伟等部，亦于７月９日回师周田等地，同陈炯明叛军展开激战。朱培德闻报后，主动率部支援，于韶关帽子峰，同陈炯明叛军翁式亮、洪非麟部进行交锋。为了完成北伐滇军的历史使命，他以惊人的胆略，对帽子峰守敌发动了猛烈的进攻。孙中山在永丰舰上获知北伐滇军的英勇精神，深受感动，而特意致电慰问。
朱培德率部激战２０余天，将守敌压迫得毫无反攻之势，不料粤军第一师梁鸿楷突然倒戈，同时，蔡成勋、沈鸿英等桂系军阀残余势力又威胁其后，使北伐滇军处于不利地位。朱培德担心许崇智乘机生变，特派副官罗炳辉以联络组的名义前往许部阵地观察动向。罗炳辉得知湘军谭延闿部陈嘉佑旅即将前来增援的消息及时报告了朱培德，才使朱培德放心。
尽管如此，战局对北伐滇军是极为不利的。朱培德为了鼓励部队士气，坚定必胜信心，他每天草履简从，巡视阵地，使北伐滇军官兵深受感动，一致表示：“请总司令放心，我们死也要死在阵地上！”
许崇智的部队不能坚持战斗而过早撤退，造成陈炯明叛军乘机而入，而使整个战局发生了混乱。
孙中山为肃清叛军，写给朱培德的亲笔函
罗炳辉发现这一新的情况，星夜从粤军阵地绕道仁化，赶回帽子峰报告朱培德。朱培德认为粤军一撤，大势已去，乃决定停止战斗，乘夜从乐昌向湘境撤退。
韶关一役，虽然没有获得胜利，但是，孙中山却给予了充分肯定。他在致国民党员书中指出：“是次北伐，诸军自５月初旬到８月初旬，凡三阅月，其中始而由粤入赣，与陈光远之敌兵战，继而由赣回粤，与陈炯明之叛军战，曾无一日之休息。不但久战而疲，即远道之劳，已人非所堪，其艰苦卓绝，询足为革命军人之楷模！而陈炯明辈，为遂其把持盘踞之欲，至不惜勾通敌人，以夹击其十余上同患难，共生死之袍泽，廉耻道义扫地以尽矣。”
早在１９２２年３月，唐继尧率领所部回滇，勾结滇南大土匪吴学显为内应，以突袭方式杀掉了顾品珍，重掌云南大权。顾品珍部张开儒率领５个旅的兵力，向广西转移。陈炯明叛变后，张开儒响应孙中山讨陈号召，挥师东向，军队发至广西桂平，滇军内讧，剥夺了张开儒兵权，而杨希闵为滇军代理总司令进入广东。１９２３年１月，杨希闵所率滇军与桂军联合，组成滇桂联军，以杨希闵为联军总司令，与粤军配合，攻克了广州，陈炯明退往惠州。
朱培德退入湖南不久，又回师广东。当他在杨希闵部的接应下，顺利到达广州时，孙中山则已乘永丰舰到上海。为了及时将孙中山接回广州，朱培德即派王均专程转道香港，前往上海迎接。
２月１５日，孙中山在北伐滇军的忠诚拥护下，回到广州。随即设立大元帅府，并委任杨希闵为北伐滇军总司令，朱培德领导的北伐滇军改为大本营拱卫军，朱任司令兼大本营参谋长。讨伐陈炯明叛军的任务暂时告一段落。
沈鸿英原为桂系旧军阀，与北洋军阀有着很深的渊源关系，曾经接受过曹锟、吴佩孚等人赐予的“建威将军”封号。孙中山深知沈的为人，认为靠不住，乃密令朱培德严加注意。
不久，香港即传出消息说：北方政府任命沈鸿英为广东军务督办，杨希闵为帮办等等。然而沈鸿英却伪装积极，表示服从大元帅命令，愿将部队调到北江。但话音未落，便在调防北江的幌子下，于４月中旬，突然袭击北伐滇军总司令部——农林试验场。
由于朱培德对沈鸿英保持着高度警惕性，事先就派第四旅第七团团长廖行超对从西关通往农林试验场的道路进行了侦察，并绘制了地形图，作了标志报告，所以，当沈军叛乱时朱培德拱卫军及杨希闵北伐滇军、刘震寰北伐桂军即联合反击，沈遭到失败，向韶关溃退。
沈鸿英溃退韶关后，在北洋军阀的支持下，先后进行过多次反扑，最后终于被朱培德和王均打败。韶关则由大本营拱卫军第七师王均和杨希闵所属第一师杨池生等部联合接防。
５月间，陈炯明旧部叶举、熊略举兵逼广州，朱培德再次参加进攻陈炯明叛军，６月４日夺回博罗。７月１６日广东滇军杨希闵以张开儒、金汉鼎、杨蓁谋夺滇军总司令，师长杨池生、杨如轩（金汉鼎、黄毓成系）因有通北嫌疑，被杨希闵驱逐，孙中山大元帅下令免张开儒湘粤联军总司令职，通缉金汉鼎、黄毓成，废滇军总司令，任杨希闵、范石生、蒋光亮、朱培德为直辖第一、第二、第三、第四军军长。８月２７日陈炯明军围攻增城，９月１４日朱培德、吴铁城解增城之围。１０月２８日专任中央直辖第一军军长，进攻陈炯明。１１月１７日陈炯明军进攻广州，占领石牌。１８日，杨希闵督滇军朱培德、王秉钧、范石生、粤军许崇智及豫军樊钟秀与陈炯明军林虎、刘志陆、洪兆麟、杨坤如等激战于广州东郊。１９日，豫军樊钟秀、滇军朱培德、范石生会同自北江前来的谭延闿湘军击破陈炯明部，广州解围，朱培德更加得到孙中山器重和信任。１９２４年１月８日，孙中山派朱培德等为禁烟会办。
