慈禧太后死后，袁世凯被摄政王载沣赶下台，“回乡养疴”。在河南彰德，他一面过着“隐逸”的生活，一面关注局势的变化。辛亥革命的爆发，为其重新出山提供了机会。
１９０８年１１月１５日，统治了中国近半个世纪的女人——慈禧太后驾崩。慈禧的去世使袁世凯失去了有力的靠山，也是他政治生涯的一个重大的转折点。
１９０８年１１月３日，慈禧太后在度过了她７３岁寿辰之后，患了痢疾，卧床不起。她感到自己大限将至，遂就光绪皇帝的接班人问题，征询主要大臣的意见。说是征询，其实慈禧心中早有人选，那就是醇亲王载沣的儿子溥仪。
１１月１３日，慈禧太后颁布三道谕旨：醇亲王载沣之子溥仪，着在宫内教养，并在上书房读书；醇亲王载沣，授为摄政王；朝会大典、常朝班次、摄政王着在诸王之前。１４日，幽禁多年的光绪皇帝在中南海瀛台涵元殿突然病逝，年仅３８岁。慈禧太后当即召集摄政王载沣和军机大臣奕劻、世续、张之洞、鹿传霖、袁世凯等人，宣布立溥仪为嗣皇帝，并着摄政王载沣监国。待溥仪年岁渐长，学业有成，再亲裁政事。１５日，慈禧太后崩逝。
光绪皇帝和慈禧太后几乎同时“晏驾”，引起人们的种种揣测。一种说法是西太后先卒，秘不发丧，由袁世凯、奕劻、李莲英合谋，把光绪皇帝害死之后，颠倒帝后死亡日期。一种说法是袁世凯见西太后病危，怕她死后，光绪皇帝重新掌权，记恨戊戌之旧怨，特贿李莲英先一天把光绪皇帝毒死。还有一说是西太后自知来日不多，怕她死后，正当壮年的光绪皇帝重操旧业，故逼光绪皇帝服毒而死。因此，光绪皇帝之死，至今仍是一个谜。
１２月２日，溥仪即皇位，国号“宣统”。１９日，为表示新朝的“恩泽”，朝廷优赏奕劻“亲王世袭罔替”；赏加世续、鹿传霖太子少保衔，用紫缰；赏加张之洞、袁世凯太子太保衔，用紫缰。
摄政王载沣与袁世凯素来不合。载沣认为１８９８年其兄光绪皇帝被幽禁瀛台，是袁世凯出卖维新运动的结果，因而对他深切痛恨。一些满族亲贵也看不惯袁世凯的行事作风，主张除袁。另外，御史江春霖上折摄政王，称袁世凯“借新政为名，引用私党，遂令官场相习成风，以钻营为能”。皇帝侍讲赵炳麟也乘机上疏称袁世凯变诈多端，树植私党，挟制朝廷。于是，载沣下定决心要惩治袁世凯。
载沣拟了一道将袁世凯革职、拿交法部治罪的谕旨，并征求奕劻、张之洞的意见。与袁世凯私交甚好的奕劻首先反对，威胁说：“杀袁世凯不难，不过北洋军造起反来怎么办？”张之洞也说：“主少国疑，不可轻于诛戮大臣。”两位重臣的反对，加上袁世凯在军队中的强大影响力，使载沣不得不慎重考虑。无奈之下，最后接受张之洞的意见，将谕旨改为“开缺回籍养疴”，于１９０９年１月２日公布。６日，袁世凯仓皇登车前往河南。
到河南境内后，袁世凯并没有回老家项城，而是在卫辉府车站下了车。袁世凯没有回项城，主要是因为家庭矛盾所致。当年袁世凯为母亲出殡的事情，把家族中的很多人都得罪了，此番遭贬，自然是不想回去看族人的白眼。事情是这样的：袁世凯兄弟共六人，除袁世敦为父亲袁保中的原配夫人所生，系嫡出以外，其余五人都是袁保中的继室刘氏所生。袁世凯做山东巡抚的时候，亲生母亲刘氏病死在济南，袁世凯要求开缺回籍葬母守制。没想到义和团事起，形势严峻，慈禧太后要求袁世凯移孝作忠，给假百日在巡抚衙内守制，不允他回籍葬母。因此，袁世凯母亲的遗体，一直没有正式安葬。等到辛丑条约签订，袁世凯做了直隶总督和北洋大臣，京津一带的形势得到稳定后，朝廷这才批准袁世凯回籍葬母。１９０２年１０月，袁世凯回到家乡葬母。因为袁世凯的母亲刘氏是庶母，按照当地风俗，不准正门出殡，也不能埋入祖坟的正穴和父亲袁保中合葬，只准附葬在坟所的地角。个性倔强的袁世凯执意不从，跟主持家政的二哥袁世敦大吵起来。袁世凯甚至跪求袁世敦，但袁世敦始终不同意。袁世凯一怒之下，干脆以朝廷总督大人的身份发令，强行安排地方官和军士，把自己生母的灵柩从正门带出了袁宅大门。不过袁世凯也只得另买一块地安葬了母亲。从此之后，袁世凯跟袁世敦断绝了关系。
袁世凯到卫辉后，生活条件、周围环境都与在京城时有天壤之别。１９０９年４月下旬，袁世凯又从卫辉迁到辉县城东门里住，西关有其修建的花园。辉县城西北五里有河南著名的百泉、苏门胜景，素有“中州颐和园”、“北国小西湖”的美誉。袁世凯到这里后，便成为了此处的常客，每每约人前来，或临泉而赏景，或登山而寻胜，兴致很高。
袁世凯在辉县居住了３个月左右的时间，到了１９０９年的夏季，袁克定在河南彰德（今安阳）洹上村监工修建的宅园大部分完工，袁世凯和家人便搬进了新居，开始了他两年之久的洹上养寿园的“隐居”生活。
袁世凯定居洹上后，得知兄长袁世廉解职在家，身体也变得虚弱，特意让袁克文将袁世廉和姨太太接到洹上养病。他还花重金聘请了一名法国医学博士长在洹上垂钓的袁世凯住在洹上专门替袁世廉看病。在洹上，袁世凯着实过了一阵子悠闲的生活。每天，他或去洹水边钓鱼，或出门散步，或和妻妾子女共享天伦之乐，或请几个文人骚客，吟诗斗酒，好不自在。
在洹上，袁世凯写了不少诗，从中我们也可以看出来袁世凯在那一段时间里的所思所想。比如这首刚到洹上时所写的诗：
曾来此地作劳人，满目林泉气势新。
墙外太行横若障，门前洹水喜为邻。
风烟万里苍茫绕，波浪千层激荡频。
寄语长安诸旧侣，素衣蚤浣帝京尘。
此诗暗藏着袁世凯对清廷将其罢官的仇恨。当然，袁世凯也写了不少反映他在洹上闲云野鹤日子的诗，比如这首春日饮养寿园：
背郭园成别有天，盘飧尊酒共群贤。
移山绕岸遮苔径，汲水盈池放钓船。
满院莳花媚风日，十年树木拂云烟。
劝君莫负春光好，带醉楼头抱月眠。
在表面隐逸生活的背后，袁世凯也在频繁地进行着活动。他遥控着北洋军，结交达官显贵，继续贿买奕劻，在家设立电报处，订阅各种报纸，随时观察时局动向。
在袁世凯“回乡养疴”的两年中，国内的政治形势也发生着巨大的变化，阶级矛盾日趋尖锐，人民群众开展了不同程度的反抗斗争。如发端于１９０５年的抢米风暴，到１９１０年已几乎遍及南北各地，以湖南最为厉害。长沙的饥民在一夜之间将一百余家米店全部捣毁，还焚烧或捣毁了巡抚衙门、银行、税关、官钱局和外国人的洋行、货栈和教堂等。
资产阶级革命派在孙中山的领导下，仍坚持着武装斗争，发动了数十次起义。资产阶级立宪派也发动群众，进行国会请愿，要求民权，反对专制。在这种情况下，１９１１年５月８日，清廷成立了责任内阁，任命奕劻为内阁总理大臣，那桐、徐世昌为协理大臣，下设外务、民政、度支、学务、陆军、海军、司法、农工商、邮传、理藩十个部，以梁敦彦、善耆、载泽、唐景崇、荫昌、载洵、绍昌、溥伦、盛宣怀、寿耆为各部大臣。在十三名阁员中，满族占九人，汉族仅占四人；而在满族中，皇族又占了大部分，人们称其为“皇族内阁”。很显然，皇族内阁是违背立宪初衷的。这也使得立宪派对清廷大失所望，一部分人愤而转向革命。
１９１１年６月，立宪派的头面人物张謇由湖北进京，特意绕道去彰德拜访了袁世凯。见面后，两人寒暄了几句。随后在谈及政局时，他们共同认为只有采取君主立宪，组织责任内阁，进行政治改革，才能缓和危机。张謇还一再劝袁世凯出山，袁世凯答道：有朝一日蒙皇上天恩，命世凯出山，我当一切遵从民意而行。
１９１１年１０月１０日，武昌起义爆发。经过一夜的激战，革命党人占领了武昌城。１１日攻克汉阳，１２日攻克汉口，武汉三镇全部解放。
当武昌起义的炮声传到洹上村时，正是袁世凯亲朋满座、觥筹交错庆祝其寿辰的时候。袁世凯的生日是阴历８月２０日，这个日子在其初年之年是阳历的９月１６日，在辛亥年则是１０月１１日。
前来祝寿的诸人得知武昌起义的消息后，众说纷纭。有的说，起义军不过数营，瑞瀓、张彪等必能平定；有的说，起义军队志在掠夺，两三日间，大兵压境，即将一哄而散；有的说，孙中山、黄兴等均不在鄂，兵无统帅，焉能不败。袁世凯一边听着诸人的发言，一边思考着局势的发展。他预感到，离出山的日子不远了！
辛亥革命发生后，清廷被迫起用袁世凯。他玩弄权术，如愿当上内阁总理大臣，成为清廷唯一真正掌有实权的人物。随后，他对革命派采取既打又拉的政策，迫使双方妥协。
武昌起义爆发后，清廷命令陆军大臣荫昌统率第一军火速南下，湖北军队及赴援各军均归其节制调遣。但是，一方面，虽然荫昌在德国学习过陆军，但一直未曾带兵打仗，缺乏实战经验；另一方面，开赴前线的军队都是袁世凯的北洋旧部，哪里肯听荫昌的调遣。因此，命荫昌率军镇压革命党人的起义，显然不会起到什么效果。
素与袁世凯关系密切的奕劻、那桐、徐世昌等人，见请袁世凯出山的时机已到，纷纷向载沣提请起用袁世凯。奕劻说：“此种非常局面，本人年老，绝对不能承当。袁有气魄，北洋军队都是他一手编练，若令其赴鄂剿办，必操胜算；否则畏葸迁延，不堪设想”。
与此同时，西方列强也害怕这次的革命活动演变成类似于义和团那样的排外运动，影响他们在华投资利益，也纷纷向清廷施加压力，指名要求起用袁世凯。美国、法国银行团的代表司戴德和贾恩纳指出：袁世凯在训练新军方面做过许多工作，看来他是制止叛乱浪潮、争回不忠军队以及同起义首领中的某些人达成协议的唯一人物。
作为载沣本人来讲，对重新起用袁世凯，自然是十分不情愿的。但是当时的国内形势和亲贵大臣、西方列强对袁世凯的支持态度，却使他不得不请袁世凯出山。１９１１年１０月１４日，清廷发布上谕，任命袁世凯为湖广总督，督办剿抚事宜。出人意料的是，早就等待着这一天的袁世凯，竟讽刺性地以“足疾未愈”为由上折推辞不就。１０月１６日，荫昌来到洹上村。袁世凯装病不出，荫昌便到寝室谒见了袁世凯。密谈时，袁世凯告诫荫昌切勿轻战，其目的就是希望事态进一步扩大，抬高自己的地位，从中渔利。１８日，载沣在袁世凯的奏折上批道：汉口事情紧迫，迅速调治，力疾就道，勿孚朝廷优加倚任之至意。随后，奕劻也派袁世凯的老友徐世昌前往洹上劝袁赴任，顺便也想摸清楚袁世凯的葫芦里到底卖的是什么药。
徐世昌到洹上之后，遂与袁世凯进行密谈。袁世凯提出了六条要求：一、明年即开国会；二、组织责任内阁；三、宽容参与此事件诸人；四、解除党禁；五、须委以指挥水陆各军及关于军队编制的全权；六、须予以十分充足的军费。此六项缺一不可，否则决不出山。
对于袁世凯提出的这六项要求，嫉恨袁世凯的满族亲贵坚决反对，大骂袁世凯是漫天要价，本愿做妥协的载沣一下子也接受不了，因此，袁世凯的阴谋暂时没有得逞。可是，革命形势的迅猛发展和袁世凯的阴谋权术，迫使载沣不得不逐渐低头。
武昌起义得到了各省的热烈响应，全国像火山一样爆发了。这既出乎袁世凯和清政府的预料，甚至也出乎革命党人的预料。１０月２２日，革命党人焦达峰、陈作新和立宪派人士共同领导湖南新军在长沙起义，杀死巡防营统领黄忠浩，巡抚余诚格潜逃。起义军成立了军政府，宣告湖南独立。同日，陕西新军起义，西安将军文瑞于次日投井自杀，护理巡抚钱能训被拘，陕西宣告独立。２３日，九江新军起义，占领了湖口、马当两要塞。２５日，广州将军凤山被革命党人炸死。此时，袁世凯仍电告荫昌说：“前锋不竞，似宜择地集合，固布守局，以待筹备完善，再图进取。”他还授意冯国璋“慢慢走，等等看”，逼迫清廷在他出山的问题上再做让步。
２４日、２５日两天，袁世凯接连两次电请内阁代奏，请清廷派冯国璋总统第一军、段祺瑞总统第二军，令第二军陆续开拔，到河南信阳一带集结。迫于局势，清廷批准了袁世凯的奏请，任命冯国璋总统前线第一军、段祺瑞总统第二军，均隶属于袁世凯；拨直隶、奉天两省武器装备、新募兵员。遂于１０月２７日召还荫昌，授袁世凯为钦差大臣，所有赴援之海陆军、长江水师和此次派出各军，均归其节制调遣；应会同邻省督抚者，随时会同筹办。
袁世凯抓到了军事大权后依然不满足，他觉得仍然有等待的必要，所以继续装腔作势，在养寿园“垂钓”。
１９１１年１０月底，清廷腹地出现了危机。１０月２７日，屯军滦州的第二十镇统制张绍曾联合第二混成协统领蓝天蔚等电奏清廷，提出速开国会，改定宪法，组织责任内阁，皇族永远不得充任内阁总理大臣、国务大臣，国事犯之党人一律特赦擢用等１２条，并致电革命党，表示断不会督师南下与民军作战。１０月２９日，山西太原新军起义，阎锡山被推为军政府都督。１０月３０日，昆明新军起义，蔡锷为军政府总督。１０月３１日，南昌新军起义，也成立了军政府。
在这种情势之下，载沣被迫于１０月３０日以皇帝名义一连颁发四道上谕：实行宪政；迅速起草宪法；革除亲贵秉政，成立内阁，不再以亲贵充国务大臣；大赦国事犯。这实际上是对袁世凯六条要求的回应。１０月３１日，袁世凯离开彰德，到信阳与荫昌进行交接。１１月１日，奕劻奏请辞职，清廷即准，授袁世凯为内阁总理大臣，着其即刻来京，组织完全内阁。袁世凯接旨后，为撑足架子，故意电奏辞谢。载沣心知袁世凯是假意推辞，再三促其早日回京。袁世凯又提出，内阁总理大臣由国会公举，否则不敢奉诏。１１月８日，资政院开会，正式选举袁世凯为内阁总理大臣。
袁世凯此时不再装腔作势，将前方的军事交给亲信干将冯国璋后，便带领大批卫队北上，１３日抵达北京。１４日，隆裕太后和摄政王载沣召见了他，叫他不要辜负重托。袁世凯听后诚惶诚恐地表示要“杀身成仁，以古圣贤之心为心”，“誓为清廷保全社稷”。１６日，袁世凯的责任内阁组成，内阁成员大多都是他的党羽亲信。为将中央军权牢牢掌握在手中，袁世凯又采用软硬兼施的办法，迫使载沣交出“监国摄政王”大印，又由隆裕太后申明“家法”：亲贵不得与闻政事。随后，袁调冯国璋入京，接管由载沣控制的禁卫军。如此一来，袁世凯接收了清廷的全部权力，成为清王朝中唯一真正掌有实权的人物，隆裕太后以及小皇帝溥仪成为傀儡。
１９１１年１１月，袁世凯出任内阁总理大臣
袁世凯掌权后，对革命党既打又拉，频频试探革命党对自己的态度。革命党人对袁世凯的政策态度不一。如黎元洪认为，如果此时不将皇上推倒，随便和了，将来更无法子了；黄兴则致信袁世凯，劝他起义反正，希望他“以拿破仑、华盛顿之资格出，而建拿破仑、华盛顿之事功，直捣黄龙”；汪精卫则鼓吹中国非共和不可，共和非袁世凯促成不可，且非袁世凯担任不可。
为进一步逼迫革命党坐到谈判桌前，袁世凯一方面令北洋军加强攻势，于１１月２７日攻占了汉阳；另一方面又请英国驻华公使朱尔典出面居中调停。
时南方各省纷纷独立，脱离清廷统治，但却各自为政，没有统一的领导机构。因此，建立统一的革命领导机构势在必行。早在１１月９日，以黎元洪为首的湖北集团便致电各省，请派代表赴鄂商讨组织临时中央政府问题。１１月３０日，南方各省代表在汉口英租界举行第一次联合会。同日，袁世凯通过英国领事馆向南方各省代表会议提出和谈。这一次，南方各省代表立即表示同意。
１２月２日，代表会议作出决议：“如袁世凯反正，当公举为临时大总统。”他们认为，袁世凯实力强大，与之对抗，没有必胜的把握。相反，如果袁世凯能够反戈，倒向共和，可以避免过多的流血牺牲，早日实现推翻清朝的目标。１２月５日，代表会议拟订和谈纲要四条：一、推翻清朝；二、主张共和；三、礼遇皇室；四、以人道主义待满人。会议公推伍廷芳为谈判代表，清廷一方则授权内阁总理大臣袁世凯为与南方谈判的全权大臣。袁世凯委派唐绍仪为和谈总代表，与南方谈判。袁世凯所定的基调冠冕堂皇，“君主制度万万不可变更”，“只有维持君宪到底，不知其它”，“将来国民程度渐渐开通，懂得共和的真谛，再慢慢改为共和政体”。
自１２月１７日至１２月３１日，伍廷芳、唐绍仪共举行了五次和谈。正式和谈之外，又有南北军代表私下进行的秘密和谈。和谈的基本内容是围绕采取什么样的国体，君主立宪还是民主共和，而其中的关键问题则是袁世凯能否当大总统。
然而，在此期间，１２月２５日，孙中山抵达上海，２９日，十七省代表选举孙中山为临时政府大总统。这使袁世凯感到如芒刺在背，觉得大总统的职位已经渺茫，随即以唐绍仪与南方谈判所议条款未经他许可、属越权行为为由批准唐绍仪辞职，等于否定了南北五次会议协商的所有条款，使和谈顿时陷入濒临破产的僵局。１９１２年１月１日，孙中山于南京宣誓就职，宣告中华民国诞生。１月３日，南方代表选举黎元洪为副总统，通过了临时政府各部总长人选，中华民国临时政府宣告成立。至此，袁世凯想要攫取辛亥革命果实的计划暂时受阻。
孙中山三次电告袁世凯，表示只要清帝退位，宣布共和，就推其为临时大总统，袁随即加紧了“逼宫”的步伐。清帝退位后，他制造兵变，拒绝南下，并如愿在北京就职。
孙中山回国后，对国内的局势和南北议和的现状有了清楚的认识。他认为袁世凯诚然不可信，但利用他推翻２６０余年的满族贵族专制强于用兵十万。因此，在当选临时政府大总统的当天，孙中山便致电袁世凯：
公方以旋转乾坤自任，即知亿兆属望，而目前之地位尚不能不引嫌自避。故（孙）文虽暂时承乏，而虚位以待之心，终可大白于将来。望早定大计，以慰四万万人之渴望。
这就是告诉袁世凯不要怀疑，总统的位置将来推倒清廷后肯定会让给他。但袁世凯并不相信。１９１２年１月２日，即在宣誓就职临时政府大总统的第二天，孙中山又再次致电袁世凯：
文不忍南北战争，生灵涂炭，故于议和之举并不反对。虽民主君主不待再计，而君之苦心，自有人谅之。倘由君之力，不劳战争，达国民之意愿，保民族之调和，清室亦得安乐，一举数善，推功让能，自是公论。文承各省推举，誓词俱在，区区此心，天日鉴之。若以文有诱致之意，则误会矣。
袁世凯仍不相信。他一面大造“收拾大局非袁莫属”的舆论，一面命各军加紧备战，准备“痛剿”民军。孙中山见袁世凯没有和谈诚意，决定自任总指挥，出兵六路北伐。１月１３日继柏文蔚部首战告捷后，北伐军已在安徽、河南、湖北等战场取得了胜利。然而，孙中山外部受到列强恫吓；内部受到反对派掣肘，汪精卫之流更指责孙中山贪恋总统职位破坏议和。孙中山不得不终止北伐。１月１４日，唐绍仪出面再次向伍廷芳试探袁世凯总统之位问题。伍廷芳随即电告孙中山。孙中山次日复电表示：
如清帝实行退位、宣布共和，则临时政府决不食言，文即可正式宣布解职，以功以能，首推袁氏。
与之同时，各方人士包括袁世凯的亲信，纷纷劝说袁世凯痛下决心，当机立断。袁世凯又百般试探，确认万无一失后，决定“劝幼帝退位，以国让民”，“另拟优待皇室条件，征南方同意”。
１９１２年１月１６日，袁世凯与内阁大臣联衔上折，软硬兼施，劝逼清帝逊位。袁世凯还亲自奉折到养心殿见隆裕太后和宣统皇帝。但当奏请清帝退位的消息一经传出，即遭到了满清贵族的反对，其中良弼、溥伟、铁良等人反对尤甚。１９日，他们还发布激烈宣言，成立了以保卫清室、反对议和为目的的宗社党。
就在清帝退位陷入僵局之时，北京城内发生两件大事——袁世凯在京遇刺和满清贵族中少壮派人物良弼被炸身死。这两件事帮了袁世凯的大忙。
１９１２年１月１６日上午１１时４５分，袁世凯乘马车由东华门到外务部新衙门办公。刚走过丁字街三义茶馆门口，突然一颗炸弹从茶馆里扔出来，因袁的马车速度快，炸弹没有击中。马车朝前驶到祥宜坊酒店门口，又一颗炸弹从酒店里飞出来。这次又未击中袁的坐车，但炸死袁的卫队管带袁金标及随员、兵士５人、马２匹。
此次刺杀袁世凯的行动非但没有给袁世凯以伤害，反而给他采取新动作创造了机会。从这天开始，袁就称病不入朝，只派心腹、民政大臣赵秉钧做他的代理人。袁的被刺，使隆裕太后不但不怀疑袁是“革命军的奸细”，这正是一些亲贵所警惕的，并且相信了他是清政府的“股肱社稷之臣”，当天便派特使前往慰问，随后又加封一等侯以示优抚。也正是由于这一刺杀，使袁世凯用来恐吓清政府的“革命党人已遍布京城”的谣言得到“证实”，这引起清政府内部的慌乱。在御前会上，袁的代理人赵秉钧就摊牌似地提出同时取消南北两政府，另在天津组临时政府以及优待清室的问题，并逼迫隆裕太后表态。
１月２６日，袁世凯又乘势再次使用他的法宝：北洋军将领段祺瑞等４７人联名发出通电，吁请清帝即日退位，成立共和政体，以安皇室而定大局。事情确是极富戏剧性，不到一个月前，也是这些将军们，通电反对共和，要誓死拥护君主立宪，袁世凯玩弄翻云覆雨之权术，已到炉火纯青之地步。
就在４７名北洋军将领通电的同一天，北京城里又一出人意料的大事发生，清廷禁卫军第一协统兼军谘府军谘使良弼被革命党人彭家珍炸伤。
１月２６日，彭家珍守在光明胡同良弼住宅的附近，等到良弼下朝回家，他扔出一颗烈性炸弹，炸断良弼的一条腿。良弼被炸后，本已请外国医生实施了手术，情况已好转。但到第三天，赵秉均推荐了一名中医，进送止痛药酒一杯，良弼饮后不到一小时，竟死去了。
良弼之死，使袁世凯所散布的“革命党人潜伏京师”的流言更为满清贵族深信不疑。而且，由于袁世凯本身也是被刺杀的对象，故没有人认为良弼之事是出于袁世凯的政治谋划。
良弼一死，王公贵族心惊胆跳，纷纷离开北京出走天津、大连、青岛等地。参加御前会议的王公大臣更是寥寥可数，对于清帝退位，再没人敢出头反对。
１９１２年２月１２日，隆裕太后以宣统皇帝名义颁发诏旨，宣布清帝退位，并公布了优待条件。这些优待内容包括：清帝退位后仍然保持皇帝的尊号，民国政府待以外国君主之礼；清帝暂仍居住宫廷，日后移居颐和园；民国政府每年付给清帝岁费４００万元；原有禁卫军军饷数额依旧；王公世爵依旧；皇族公权与国民相等；皇族私产一律受到保护。“优待清室条件”无异于承认共和制度之得以建立，是出自清朝皇帝的“恩赐”，故皇帝要受到充分尊崇。“小朝廷”的保留，为尔后国内外野心家留下一个制造中国变乱的傀儡工具。但不管怎么说，清帝退位不但结束了清皇朝２６０多年的统治，而且结束了两千多年来的皇帝专制制度。
清帝逊位的当晚，袁世凯在外交部大楼把脑后的辫子剪掉，一边剪，一边不断哈哈大笑。的确，全国政权眼看马上就要到手了，他怎能遏制得住自己的兴奋呢！
２月１３日，袁世凯以“全权组织临时共和政府”的名义，宣布组织“临时共和政府”，并将他原内阁中的各部大臣，改称为各部首脑。
尽管如此，孙中山还是按照事前的约定，于１９１２年２月１３日，即清帝退位的第二天，向南京临时参议院辞职，送交了举荐袁世凯为中华民国临时大总统的咨文，以践前言。
不过，孙中山在辞职的同时，又在咨文上附了三项条件：一、临时政府地点设于南京，为各省代表所议定，不能更改；二、辞职后，待参议院举定新总统亲到南京就任之时，大总统及国务员乃行解职；三、中华民国临时约法为参议院所定，新总统必须遵守。前两条的目的在于把袁世凯调离北洋军阀长期盘踞、封建顽固势力雄厚的北方，使其处于革命势力的包围控制之下，不好再搞阴谋活动。第三条的目的在于以法律形式限制其不得胡作非为。
２月１４日，参议院开总统选举会，１７省代表一致选举袁世凯为中华民国临时政府大总统。旋即电告袁世凯，务请驾临南京参议院受职。同日，孙中山还电告袁世凯，说准备派专使北上迎接。
袁世凯当选总统，如愿以偿，欢喜若狂，马上舍弃了“临时政府首领”这一不合法的名义，换上了临时大总统的头衔。可是叫他去南京就职，他说什么也不干。他致电孙中山和临时政府，借口北京“内讧外患，递引互牵，若因凯一走，一切变端立见”而拒绝到南京任职。
为了促袁南下，２月２５日，前来迎接袁世凯赴南京就任的专使蔡元培一行到达北京，袁世凯命打开正阳门，予以隆重欢迎。在同专使的接触中，袁世凯一反之前的态度，绝口不提南下的困难，满口答应南下就职毫无问题，待安排好北京的相关事宜之后，即可南下。其实，这只是袁世凯使的一招障眼法，以消除前来迎接他的专使们的疑虑。而在背后，袁世凯却在上演着另外一出戏码。
２月２９日晚八点，袁世凯正陪着蔡元培等人共进晚餐，突然间枪声四起。袁世凯当着蔡元培的面，立即打电话询问情况，才知道是曹锟所部第三镇整队兵变，在东安门及前门一带放火行劫。不到半个小时，电话再也打不出去了。曹锟的假兵变，一夜未停，商民有数千家遭受损害。３月１日，北京兵变又抢掠了西城；通州、天津、保定等地也发生了类似事件。
兵变恫吓之后，段祺瑞、冯国璋、姜桂题等北洋将领发出通电说：“临时政府必须设在北京，大总统难以离开北京一步，统一政府必须迅速组成。”西方舆论也攻击迎袁南下就职“全系意气用事，并未为大局着想”，以致招来兵变扰乱，“于共和国前途危险至大”。
袁世凯还假意遣人慰问蔡元培，并且极言北京地方状况，不能离开北京。蔡元培遂于３月２日致电南京临时政府和临时参议院，报告了北京的情况，并建议临时政府作出让步，同意袁世凯在北京就职。
１９１２年３月１０日，袁世凯就任中华民国临时大总统
孙中山在各方面的压力下，３月６日，向参议院提出了允许袁世凯在北京就职的议案。参议院议决了从袁世凯受职到孙中山解职的六项程序：一、电知袁大总统允其在北京就职；二、袁大总统接电后，即电参议院宣誓；三、参议院接到宣誓之电后，即复：承认为授职，并通告全国；四、袁大总统受职后，即将拟派之国务总理及国务员姓名电知参议院，征求同意；五、国务总理及国务员任定后，即在南京接受临时政府，交代事宜；六、孙大总统于交代之日，始行解职，由参议院电达。
３月７日，孙中山致电蔡元培转告袁世凯，按参议院所开六条办法在北京正式授职。８日，袁世凯即电告参议院，表示完全承认所列六条办法，并将誓词电达。９日，参议院致电袁世凯，承认其受职。１０日，袁世凯于北京原外务部礼堂，正式宣誓就任中华民国临时大总统。２９日，唐绍仪内阁组成。４月１日，孙中山正式辞去临时大总统职务。２日，参议院决议北迁。不久，参议院和临时政府迁移到北京。辛亥革命的果实最终落入了袁世凯的手中。
