段祺瑞的祖父曾是淮军将领，对他影响很大，父亲因几文小钱被人杀害。段进入武备学堂后，表现突出，受到李鸿章的注意，被派往德国学习军事。后为袁世凯所用，成为“北洋三杰”。
段祺瑞字芝泉，１８６５年３月６日生于安徽合肥，人们因此而称之为“段合肥”。段祺瑞对此并不介意，甚至引以为荣，因为历史上他还有个老乡叫“李合肥”，即创建淮军的李鸿章，虽后人多认为李鸿章丧权辱国，留下骂名，段祺瑞却对“李合肥”推崇备至，以自己之名能与李氏并驾齐驱而自得。
段氏虽生于合肥，但段氏一家并非祖居合肥。历史上有两种说法，一说祖籍江西鄱州，即今江西鄱阳，明末迁至安徽，先在英山县落户，后迁至寿县，继而又迁于六安县太平集迤北三里。一说段家本为陕西鄱阳（今作千阳）人氏，清朝初年搬至寿州南乡的保义集坊，道光年间，曾祖父段友杰迁至六安，不久又徙居合肥之大陶岗。从此以后，段家定居合肥，以农为业。
段祺瑞的祖父叫段佩，字韫山，通过自学粗通文字。１８５１年太平军起义，洪秀全率领太平军横扫长江以南，势不可挡，咸丰皇帝情急之下下令各省地方实力派组织团练，以镇压太平天国运动。段佩积极报名加入了当地地主组织的团练，开始时担任哨兵，后升为管带。
段祺瑞戎装照
十年后，李鸿章组建淮军，皖北许多地方团练纷纷并入，段佩也成为淮军名将刘铭传麾下的一员骁将，由于表现突出，不久被刘视为左右手，最后官至统领，因功被保为提督，记名总兵，授予荣禄大夫、振威将军。从此，普普通通的段家开始出人头地。
１８７９年３月，段祺瑞１５岁，祖父段佩突然发病死于军中。
段佩的去世使段家家境急转直下，段祺瑞的美好前途也蒙上了阴影。他实在太爱军营了，但已失去靠山，只好一切从头做起。于是，宿迁清军兵营中多了一个小“戈什哈”，即勤务兵。两年后，１８８１年，１７岁的段祺瑞徒步２０００余里来到山东境内，投靠在威海卫驻军中任管带的族叔段从德，充职哨书。
段祺瑞的父亲名段从文，是粗识文字的农民。段祺瑞幼年曾读私塾，因家道贫寒，渐渐读不起了，又不能长久在家待下去，其父便亲自送段祺瑞到天津投军，入武备学堂。段父回乡时，囊中有几十两银子，便买点生丝和布，预备为其子以后成亲用。行到合肥西郊七里塘，天已昏黑，被同行商贩杀害，将他囊中所有悉数抢去。后来段祺瑞的母亲牵次子段祺甫报案缉凶，终于将案犯查获，这是清朝末年的事。
福无双至，祸不单行，其父的坟上尚未长满野草，段母也因忧伤过度而撒手西去。段祺瑞赶回老家，长歌当哭，安排了母亲的后事和弟妹的生活，然后重返威海卫军营。自此，他显得格外冷峻、刚毅，一副少年老成的模样。
１８８５年，北洋武备学堂刚刚创办，段祺瑞就从山东驻地考进了该学堂的炮科，成为第一批学员，并在一次演练中大出风头，给李鸿章留下了深刻的印象。
得知段祺瑞是合肥人，李鸿章对他倍加关注。当时洋务派和顽固派以及清流派互相倾轧，闹得厉害，而洋务派内部也派别林立，有李鸿章的淮系，曾国藩、左宗棠的湘系，张之洞的湖广集团。李鸿章为了扩展自己的势力，特别注重同乡，尤其是青年才俊。不久之前，北洋舰队成立，李便委派了安徽老乡丁汝昌为提督，北洋海军官兵多为福建人，对此啧啧，表示不满，有人劝李鸿章收回成命，李鸿章却以“命脉相关”，“不敢轻以付托”予以拒绝。
对于同是合肥人的段祺瑞，李鸿章当然更加注意了，而后得知的情况，又引起了他的兴趣。因为段祺瑞祖父和族叔均为淮军将领，祖父又曾随李鸿章剿过捻军，李鸿章对这个旧部子弟愈发有好感了，接着询问了一些军事问题，段祺瑞对答如流。李鸿章大喜，夸奖他“熟知军事，俾其造就，是一个可用之才”。让手下人记住了段祺瑞这个年轻人。
１８８９年，清政府拟选拔５个人去德国学习军事，当名单送至李鸿章手里时，李鸿章皱了皱眉，有些不高兴，因为名单上５个人有３个是山东籍的，安徽籍的才两人。于是想到了武备学堂的段祺瑞，李鸿章大笔一挥，划去了名单上的一人，把段祺瑞列在名单之首。
两年之后，李鸿章又特批这位小同乡一人留在德国克虏伯炮厂实习深造，他先后两次写信给段祺瑞，勉励他“精学苦造”。克虏伯当时是欧洲闻名的最大的重工业垄断集团之一，而克虏伯家族是世界上最大的军火制造世家。段祺瑞在这个世界最先进的火炮厂又学习了两年，回国后，在山东威海武备学堂担任算学和炮学的教习。
天津小站，是北洋军的发祥之地，淮军将领周武壮和长芦盐运使胡燏棻先后在这里屯军和练兵。１８９６年，清政府授命袁世凯督练新军后，袁世凯四处网罗人才，各路将官纷纷汇集小站。袁世凯和新到的将领一一闲谈，却发现少了一个人，连忙问道：“段祺瑞呢？段祺瑞怎么没有来？”
一旁的唐绍仪告诉他段祺瑞正好回家完婚去了，不过，已经发电报催他尽快来报到。段祺瑞回老家与吴氏结婚之前，并不知道自己已被调往小站，协助袁世凯练兵，等接到电报时，不由得有些犹豫。一边是人生大事，一边是军令如山，自己身为军人，自然应服从命令，然而这时离去，于长辈及女方而言确实不好交待。正在为难之际，忽又接得一封袁世凯发来的电报，一是说婚姻是大事让先办，去小站之事可延几日；二是贺喜，并有银票一张，作为贺礼。
段祺瑞深受感动，袁大人当时正处飞黄腾达之际，居然对他如此看重，如此体贴，不由得产生了“士为知己者死”的想法。办完婚事，段祺瑞立即奔赴小站。下了车，看到一行人正等着迎接他，老同学冯国璋迎了上来，指着一位被人簇拥着的矮胖的人说：“芝泉（段祺瑞号），快过来见袁大人。”
看到袁世凯如此礼贤下士，段祺瑞赶忙上前几步，行了大礼，说：“祺瑞不才，怎敢劳大人亲迎？”袁世凯哈哈大笑，拉住段祺瑞，说：“不必如此，芝泉，今后我们就是一家人了。”随后邀段祺瑞同上一辆车回到军营。
几天后，段祺瑞在天津的一家饭店举行婚宴，招待小站同僚。袁世凯和荫昌也出席了宴会。婚宴结束后，饭店老板告诉段祺瑞：“袁大人已经吩咐了，所有花销全记在他的名下。”段祺瑞又一次大受感动，从此对袁世凯忠贞不贰，甚至在袁世凯一度冷落他之时也不改其诚。
袁世凯是个奸雄，一生善于拉拢人、控制人，极有手腕，常在小处用功，因而笼络不少人为他卖命。对于段祺瑞这位出洋留学，确有真才实干的人，袁世凯欲要收服他，使他为己所用。果然，段祺瑞成为袁世凯小站练兵的左膀右臂，先后出任过一系列重要职位，同另外两位著名人物冯国璋和王士珍一齐被称为“北洋三杰”，成为袁世凯的心腹将领。
１９１３年５月，袁世凯奏请清政府设立了军政司，他本人兼任督办，段祺瑞为参谋处总办。为了迅速扩充北洋军，急需大量对袁“效忠”的军官，袁世凯让段祺瑞负责在北洋军事学校培养军官。
最大的北洋军校是陆军速成学堂，学员两千人，分步、骑、炮、工、辎五种兵科，如齐燮林、陈调元、陈树藩、王永全等后来一批军阀都是此校的毕业生，中国最大的军阀蒋介石也是该校学生。军校的创建，为袁世凯输送了大量军官，成为袁世凯的嫡系，北洋系统的中坚。由于段祺瑞的这一经历，北洋将领许多均出自他的门下，亦因此而段祺瑞后来在北洋系统中颇具号召力。
１９０３年６月，袁世凯建立了北洋第一镇，以后又陆续建立了五镇，称为北洋六镇，北洋六镇是名符其实的全国第一武装。段祺瑞先后担任过第三镇、第四镇、第六镇的统制。１９１１年，辛亥革命爆发时，段祺瑞已升任北洋军第二军军统，之后又兼任第一军军统，攫得了北洋军的最高统治权，成为北洋军的第一号大将。
为报知遇之恩，段对袁忠心耿耿，摄政王载沣掌权之后，清廷准备杀袁，段祺瑞在保定指使兵变，威胁朝廷，救了袁世凯的命。袁世凯一再表示：全靠你了。
在北洋军的高级将领中，段祺瑞是最具实力和号召力的人物，也是最不讨亲贵喜欢的一个。段祺瑞平生刚愎自用，从不巴结人，这点同“北洋三杰”中的王士珍、冯国璋不同。王士珍、冯国璋以及徐世昌、姜桂题等人平时很注意同朝中亲贵拉关系。正因为这样，段祺瑞尤受袁世凯信任。
１９０５年９月，北洋军在河南举行秋操，这次秋操有北洋主力段芝贵统领的第三镇和段祺瑞统领的第六镇。段芝贵排起来算是段祺瑞的族叔，但其威望和官职均比不上段祺瑞，因而反被人称为“小段”，段祺瑞为“老段”。
段祺瑞是会操前一个月由第四镇调往第六镇的，袁世凯希望精通炮术的他能够在秋操中指挥炮兵大显身手。袁世凯问：“知道为什么调你去六镇吗？”段祺瑞点点头。袁世凯又说：“此次秋操关系甚大，达官亲贵云集，列邦均有使节出席，各省也要差员前来观操，因此，我要你十足地摆出新军的威风和气派。”
段祺瑞果然不负袁世凯的厚望，秋操时令人瞩目，为袁世凯脸上大添光彩。秋操之后，英国驻华公使朱尔典有一次会见张之洞时说：“我看中国之军事，惟有新建陆军；而中国之军事统帅，也惟有袁总督袁大人了。”
段祺瑞
然而，北洋军势力膨胀，满族贵族深为不安，尤其对袁世凯极不放心。一些人上奏弹劾袁世凯，认为他“能谄人又能用人”，已呈尾大不掉之势。清政府为了防止袁世凯势力过于庞大，准备另外培养一批力量和袁对抗。于是，一批满族少壮派便登场了，良弼是其中的代表。良弼系前清宗室，祖上因犯罪丢了黄带子，有过一段平民生活，成年后又恢复了宗室身分，系上了黄带子。在满族亲贵中，他是一个有才华、有抱负的年轻将领，从日本士官学校毕业后不久，就得到兵部大臣铁良的重用。
１９０６年秋，清政府举行了著名的彰德会操，一改惯例，南北军同时参加演练，阅兵大臣和审判长也都派了满汉各二人，阅兵大臣是袁世凯和铁良，审判长为冯国璋和良弼。可见，清政府想打破袁世凯和北洋军一统天下的局面。
段祺瑞也意识到了这一点，他对袁世凯说：“朝廷对咱北洋军是越发不信任了。”袁世凯故作不解，问：“此话怎讲？”“这还不明摆着，阅兵大臣一下子派了两个，审判长中还有一个良弼。”
袁世凯自然明白，但他不想让段祺瑞在众人面前表示他的不满，于是仍不露口风：“芝泉，你是这样看吗？也许朝廷并非这个意思啊。”段祺瑞却冷笑一声，说：“宁可信其有，不可信其无。”袁世凯沉默良久，劝道：“芝泉啊，事已至此，我们就要格外小心。你的脾气我知道，但这一回不同往常。对铁良和良弼，你要特别遵从，我的意思你明白吗？”
彰德秋操后不久，阮忠枢突然到天津来看袁世凯。他告诉袁世凯，朝廷准备把兵部、练兵处、大仆寺合而为一，设陆军部，统辖全国新军，北洋六镇也不例外。袁世凯暗暗心惊，朝廷恐怕是铁了心要收回北洋军了。怎么办？阮忠枢劝他：“你现在权势过大，树敌又多，在这种局面下，把住兵权，弊大于利啊。我看不如就此放手，以防日后生出事端。”袁世凯默然，一时无法决断，于是派人找来段祺瑞。
段祺瑞听后，不假思索地说：“祺瑞以为，不仅要交，而且要主动交。”在北洋将领中，段祺瑞素以强硬著称，这次却劝袁世凯主动交出兵权，袁世凯有些意外。
“芝泉，你不是在讲反话吧？”“不”，段祺瑞分析道，“眼前不比从前了，庆王爷被人堵了嘴巴，在朝中也不便为大人多说话。而铁良、良弼又相逼甚紧，不达目的，岂肯罢休？与其被动，不如主动，把兵权交出去，暂避风头，再作计较！”
袁世凯何尝不明白段祺瑞说的这一切，只是一时割舍不下自己苦心经营的北洋六镇。段祺瑞接着说道：“交出北洋六镇，不过是走走场而已。北洋军官自上而下，均是大人一手扶持，即使铁良、良弼要改组，朝廷也不能不顾忌。只要我们这些人在职一天，陆军部就翻不了什么大浪。交出去又何妨？”
袁世凯恍然大悟，连声道：“说得对，说得对！我也是如此想的，芝泉，以后就要靠你们了。”
不久，袁世凯便呈上一份关于陆军各镇分别归部归直的陈奏，主动提出六镇中的一、三、五、六镇交给陆军部，又以直隶防务为由，留下二、四两镇归直隶总督掌管。而后，袁世凯又自请朝廷撤去他的“兼差八项”，以缩小目标。
尽管如此，满族亲贵仍不放心，不到一年又内调袁世凯入值军机。进京之后任军机大臣的袁世凯更加小心谨慎，背地里与段祺瑞、冯国璋等高级将领保持密切联系。
１９０８年１１月１６日，天空阴沉沉的，寒风萧瑟，落叶纷飞。紫禁城内外王公大臣进进出出，如丧考妣，全副武装的骑兵在街上穿梭巡逻。
这天，段祺瑞接到袁世凯的密信，微服简从从保定急急赶到北京，乘马车来到了紫禁城东边锡拉胡同袁世凯的府第。
袁府大门紧闭，门前冷冷清清。随从敲开了大门，袁府管事申明善迎了出来，把段祺瑞引入客厅。客厅里空无一人。申明善正要退下，段祺瑞问他：“出了什么事？”
这时，大公子袁克定急匆匆地到了客厅，顾不着寒暄两句，便告诉段祺瑞：“段督办，不好啦！皇上和太后驾崩了。”
光绪是在１９０８年１１月１４日死的，不到一天，西太后也接踵而崩，段祺瑞大吃一惊，急忙询问。袁克定说，袁世凯前天夜里就被召进宫里，现在还未回来，因而十分担心。段祺瑞又问：“可知嗣位立的是谁？”袁克定回答，太后懿旨立的是醇亲王载沣之子溥仪，醇亲王载沣为监国摄政。
段祺瑞心中一凉，载沣摄政，对袁世凯太不利了。
载沣是光绪皇帝的亲弟弟，光绪帝因为袁世凯出卖而被囚于瀛台，郁郁而终。载沣一直对袁世凯怀恨在心，两人甚至当面争吵，矛盾十分尖锐。
“那么，袁大人留下了什么话吗？”
袁克定摇摇头。段祺瑞便起身告辞，临行前告诉袁克定，如果袁世凯要见他，请在两天内到租界来找。
段祺瑞最终没有见到袁世凯，于是悄悄地回到保定。
到了保定，段祺瑞闭门谢客。而后，许多军官纷纷赶到保定前来探病。保定督办公署将领云集，来去匆匆。
几天以后，段祺瑞身体忽然康复了，然而脸色很不好，脾气特别暴躁。保定各学堂的教官和学生个个都提心吊胆，惟恐被段大人杀一儆百。段祺瑞脾气变糟了，是因为他心里焦急万分，载沣上台，就意味着袁世凯失势，弄不好，袁大人有杀身之祸。
的确，袁世凯在京城里如临深渊，如履薄冰，稍有不慎，恐有灭门之祸。据说载沣曾有光绪的衣带诏，早有除去袁世凯之意，又说隆裕太后也要给丈夫光绪报仇。一时间，袁府门庭冷落，袁家一片萧瑟。
果然，载沣动手了。隆裕太后召见庆亲王奕劻时，扬言要杀袁世凯。奕劻自然护着袁世凯，说此事应召汉大臣商议。谁知张之洞也有兔死狐悲之感，回复说，主上年幼，社稷动荡，此时杀戮重臣，只恐有变。隆裕和载沣优柔寡断，患得患失。就在这时，陆军部呈上紧急报告，北洋陆军各学堂和北洋部分陆军不经批准，准备擅自举行冬季演练，隆裕和载沣闻之大惊，北洋军是否要发动兵变？正在忐忑不安之际，保定又传来急报，兵变骤生，变兵纵火抢劫，段祺瑞正率部弹压。
这其实都是段祺瑞一手操纵的。早在北京见袁克定之后，段祺瑞就与冯国璋偷偷会晤，两人都觉得北洋军必须搞出一点动作，让朝廷感到它的分量。回到保定后，段祺瑞又召集亲信和幕僚反复商议，最后决定真真假假地搞一次冬季操练。所谓真，就是要放出风声，使陆军部认为北洋军已经行动起来，所谓假，就是这一切不过是虚张声势，实际上按兵不动。这样，一方面，会使王公亲贵感到北洋军的压力，从而对袁世凯不敢有太大的动作，另一方面陆军部真正追查的话，也抓不住北洋军的辫子。
会操是有意安排，无意成真，而兵变是无意发生，有意成真了。事情起因很小，北洋第六镇第十一协有几个士兵由于聚赌引起争执，各不相让，最后卷入的人越来越多，引起了火并。第十一协协统是李纯，号秀山，是袁世凯一手提拔起来的小站嫡系，也是段祺瑞的老部下。事件发生后，他立即打电话到督办公署向段祺瑞报告经过，并表示马上处置。
段祺瑞也并没有把这当回事，他刚想放下电话，却突然意识到，这不正是一个好机会吗？他立即对李纯说道：“你那边发生兵变了？”李纯一时间莫名其妙，“兵变？不是，是几个弟兄……”李纯没把话说完，话筒里却传来段祺瑞命令式的话语：“不，是兵变！李纯，你听着是兵变！”李纯还没有弄懂段祺瑞的意思，些许大的事，何必弄得如此张扬，说成兵变，不是给自己找事吗？
“你懂吗？是兵变！你那里发生了兵变！我命令你火速率部弹压。”李纯这才有些开窍了，“我明白了，立即率部镇压！”
放下电话，段祺瑞立即集合队伍。一时间，保定城内枪声大作。段祺瑞还向北京发报，报告保定发生大规模兵变，自己正率部进行弹压。其实，他却如释重负，在督办公署里和幕僚下围棋，心情异常愉快。
听到兵变，隆裕和载沣手足无措，袁世凯的处境转危为安。１９０９年１月２日，清政府以袁世凯“患足疾，步履维艰，难胜职任”为由，罢免袁世凯，让他回河南彰德老家养疴。
袁世凯全家离京时，情景十分落魄，铁路局不给他发专车，平时趋炎附势之徒全部悄然无踪。更让袁世凯不安的是，他生怕朝廷改变主意，在半路上要他的性命。车到了保定，随从向袁世凯通报，段祺瑞在车下等候拜谒。
“快让他上来。”
见到段祺瑞，袁世凯拉住他的手，感激地说：“这次全亏你，这次全亏你！”段祺瑞也动了感情：“祺瑞不才，忠义二字未敢稍有忘却，今后袁大人只要用得着我，只要言一声，祺瑞赴汤蹈火，在所不辞。”
为了表示感谢，袁世凯决定把自己花了３０万元买下的府学胡同赠给段祺瑞，说：“我今后不会再来北京了，这座房子就留给你用吧。”
火车汽笛长鸣，两人依依惜别。为了保护袁世凯的安全，段祺瑞让自己的卫队随车护送，以防不测。
武昌起义之后，清政府不得不重新任用袁世凯。段祺瑞统领北洋军纵横南北，又对清廷进行逼宫，帮助袁世凯取得大总统的宝座，被人视为“一造共和”的英雄。
１９１１年１０月１０日，革命党人在武昌发动起义。武昌起义，给了袁世凯一个难得的机会。
清政府开始决定由陆军大臣荫昌赴鄂剿办，然而，荫昌手中无一兵一卒，好不容易调来一些军队，却又不听指挥。１０月１１日，汉阳光复，１２日，武汉三镇全部光复，接着，许多地方出现了动荡的前兆。
袁世凯检阅清军，二排右二为段祺瑞
面对分崩离析的局面，载沣束手无策，内阁总理大臣奕劻和内阁协理大臣徐世昌、那桐乘机进言重新起用袁世凯，处在窘境中的载沣别无良策只好采纳。１０月１４日，武昌首义后第四天，清政府任命袁世凯为湖广总督兼办剿抚事宜。正在这时，段祺瑞接到袁世凯密电，让他去彰德开会。
在洹上村袁宅门口，段祺瑞适逢从北京赶来的冯国璋，冯国璋风尘仆仆，却满脸喜色，撸着袖子对段祺瑞说：“该咱兄弟露脸了。”
听说段、冯到了，袁世凯亲自到大门口迎接，一手挽着一个进了客厅，屋里聚满了北洋的嫡系将领，如段芝贵、倪嗣冲等。
秘密会议召开了，袁世凯对出山问题态度很明确，“我还要等等看。”他对冯国璋说：“我让你来做前敌的主帅，你说怎样？”冯国璋抑制不住喜悦之情，问道：“那荫昌呢？”袁世凯哈哈大笑，却不作答复，交代冯国璋说：“对武昌方面要打，但也不要太过了。剿抚并重嘛，你懂不懂？”冯国璋似懂非懂地点点头。
袁世凯对其他将领一一作了交代，惟独没有和段祺瑞说。散会后，他把段祺瑞单独召到书房，亲切地说：“芝泉呀，他们对你不信任呀。”
“他们”自然指的是朝廷，所谓“不信任”是指对是否让段出兵讨伐，朝中仍有争议。段祺瑞回答得很巧妙，“因为他们不相信袁大人嘛！”
袁世凯仰脸大笑，然后说道：“芝泉啊，你是我最信任的人，有话不妨对你直说。目前南边很热闹，可是，要害不在南而在北，你懂不懂啊？”“你懂不懂”是袁世凯的口头禅，段祺瑞听了“不在南而在北”，心中豁然明白，“袁大人的意思，是不是说北方不能乱？”
袁世凯一笑，说：“还是芝泉懂我的心思啊！顾头不顾腚，到头来一场空，这种舍本的买卖，我袁项城不做。”
临走时，袁世凯又嘱咐段祺瑞说：“就让华甫在前面打，你在后边，要控制住铁道线，此乃命脉。进可以援于武昌，退可以左右直隶和北京。”
袁世凯不出山，荫昌根本指挥不动北洋军，清政府只得一次又一次地向袁世凯让步。１０月２０日，徐世昌秘密赶赴彰德，和袁世凯密商后，带着袁世凯提出的六个条件回到了北京。这六个条件是：明年即召开国会；组织责任内阁；宽容参与此次事件诸人；解除党禁；须委以指挥水陆各军及关于军队编制之全权；须予以十分充足之军费。清政府在一筹莫展之下，只好饮鸩止渴，１０月２７日，连续下四道上谕：召回陆军大臣荫昌，委任冯国璋和段祺瑞分别统率第一军和第二军，授袁世凯为钦差大臣，节制所有出征的海陆各军等。这一切，其实早在袁世凯的意料之中。
袁世凯依然安之若素，稳坐彰德钓鱼。清政府只得再次让步，１０月３０日，下罪己诏。１１月２日，任命袁为内阁总理大臣。袁世凯大权在握，夙愿已偿，立即电令冯国璋向汉口发动进攻，同时电令段祺瑞的第二军由洛阳向前推进，并沿途布置。在这之前，１０月２９日，北方发生了一件意料不到的事，二十镇统制张绍曾联合部分将领，屯兵滦州，发动了兵变。袁世凯对此大发其火，对段祺瑞说：“我说过北方不能乱。我最担心的也在此。现在张绍曾果然闹起来了。朝廷上下，为之震动，京畿直隶，人心不安。此事必须尽快解决！”
１１月２日，为了稳住二十镇，清政府特派第六镇统制吴禄贞前往滦州抚慰，谁知吴禄贞是个比张绍曾更为激进的革命党人。他在娘子关正太铁路车站与阎锡山秘密会晤，商定组织燕晋联军，三路夹击北京，吴被推为联合大都督兼总司令。在这千钧一发的时刻，袁世凯收买人刺杀了吴禄贞，二十镇兵变也随之失败。
北方局势稳定了，南边却出了问题，问题出在冯国璋身上。冯国璋自从接替荫昌担任前敌主将后，一心要立一番功勋。他对一位部下说：“这一来，咱的黄马褂子算是穿上了。”所以打得十分卖力，于１１月１日撕开汉口的防线，并下令火烧汉口。１１月２７日，又攻克汉阳。冯国璋这边打得顺手，却急坏了袁世凯，他连发七道急令要冯国璋暂停军事攻击，同时派人三次去汉阳，对冯国璋进行暗示。
然而冯国璋攻占汉阳后，被授予男爵爵位，此时一门心思拿下武昌，准备请赏，对袁世凯的暗示反应迟钝。袁世凯只得走马换将，让摸清了他的心思的段祺瑞代替冯国璋指挥前线军队。１１月１７日，清政府电命段祺瑞为湖广总督，兼办剿抚事宜。１２月８日，又让冯段对调，冯为第二军军统，段为第一军军统。正当冯国璋莫名其妙时，袁世凯又调冯国璋回北京，任命段祺瑞为第一军军统兼任第二军军统。
此时，南北议和局面正在形成之中，代替了冯国璋的段祺瑞对袁世凯的心思越来越清楚，袁世凯早就无意于清室，也不安于内阁总理大臣，向往的是总统职位。而问题在于，共和之后，袁世凯是否能稳稳地坐上总统宝座？为了实现袁世凯这一目的，前线的段祺瑞与后方的袁世凯一唱一和，配合得得心应手。
１２月２９日，南方选举孙中山为临时大总统。段祺瑞极为震惊，因为在孙中山归国之前，和谈已经有了眉目，孙中山的归国无疑给袁世凯以重大打击，何况，孙中山还就任了临时大总统这一袁世凯梦寐以求的职位。
“打，只有打！”段祺瑞怒气冲冲地喊道。就在２８日，袁世凯电令段祺瑞分批按和议商定的要求从武汉撤军。然而３０日，北洋军不仅没有撤退，反而公开破坏停战协定，不断向武昌方面炮击。１９１２年１月１日，就在孙中山宣誓就职的那一天，段祺瑞纠合冯国璋、段芝贵等北洋将领，联名通电反对共和，主张立宪，声称“若以少数意见采用共和政体，必誓死反抗”。一时间，战云重新笼罩在大江南北。
在各方面的压力下，孙中山妥协了。袁世凯在得到南方“清室退位后，推举袁世凯为大总统”的承诺之后，开始向“孤儿寡母”的清王朝施加压力了。袁世凯不想亲自出面，恐被人骂作“活曹操”。１月１６日，袁世凯在去外交部的途中，有人向他投掷炸弹。袁世凯虽然秋毫无损，却借机不再上朝，躲在幕后，指使部下一个个跳出来逼宫。
１月２０日，段芝贵到了湖北前线。１月２３日，湖广总督兼第一军军统段祺瑞从前线发来电报，一方面报告军队倾向共和，军心不稳；另一方面表示自己将尽力而为，但“成败利钝未敢料也”，借此给清王朝以威胁。１月２５日，段祺瑞致电内阁，赤裸裸地开始了逼宫。他在电报中声称，前方将领及各地将领均表示赞同共和（这时的段祺瑞似乎忘了不久前表示要誓死反对共和维护立宪），听说载沣、载泽阻挠共和，多愤愤不平，甚至扬言“立即暴动”。此间恫吓之心，溢于言表。
段祺瑞唱起了红脸，袁世凯却一副“忠君爱国”的样子，联同徐世昌、冯国璋、王士珍复电，希望段祺瑞劝解诸将领，不要轻举妄动。就在当天，段祺瑞领衔、北方诸军统兵将领４２人、士兵４０万人联名要求清廷宣布共和的通电已经公之于众。这封电报，宛如一颗巨大的炸弹，掀起了狂波巨澜。当内阁会议还在为共和和立宪喋喋不休时，袁世凯一言不发，出示了这封电报，人人变色，大局遂定，连素来强硬的良弼也在赞成共和的名单上签名。段祺瑞一电之威，可想而知！
１月３０日，隆裕太后召开御前会议，自动颁布共和，授予袁世凯全权与南方商酌退位条件。２月５日，段祺瑞趁热打铁，率武汉战区十将官再次逼宫，催发共和诏旨。电报称：
“三年以来，皇族之破坏大局，罪实难数。事至今日，乃并皇太后皇上欲求一安富尊荣之典，四万万人欲求一生活之路而不见许。祖宗有知，能不恫乎。盖国体一日不决，则百姓之因兵匪冻馁死于非命者日何啻数万……谨率全军将日入京，与王公部陈利害。”
段祺瑞居然要率军入京，清王朝一片混乱，人人自危。１９１２年２月１３日，清帝退位。２月１５日，袁世凯在参议院选举中以全票当选为临时大总统，俨然成为共和的缔造者，参议院甚至称其为“世界之第二华盛顿，我中华民国之第一华盛顿”。而段祺瑞也因为逼宫有功，被人视为“一造共和”的英雄。有人吹捧说：“段大帅只要歪歪嘴，发几个电报，就把大清给推翻了。”
