抗战爆发后，桂永清率教导总队参加淞沪战役，南京保卫战使教导队元气大伤，蒋介石很不满。豫东战败，桂永清负罪见蒋介石，被撤掉军长，改任战时干部训练团团长
“西安事变”发生后，桂永清即率教导总队驰赴陕西救蒋介石。刚到郑州时，接到何应钦要他在陕西华阴待命的来电。１２月１８日，桂永清接电向渭南攻击前进，至上午９时攻占了渭南。１２月２５日，蒋介石被释后由西安飞抵洛阳时，桂永清受到蒋的嘉勉。不久，蒋介石特任桂永清为特使，前往英国参加英王加冕大典。
抗日战争爆发后，１９３７年９月，桂永清从英国回国后，即率教导总队投入淞沪战役。此时，教导总队已拥有步兵１６个团，骑、炮、工兵、通讯、汽车各一个团，另有四个独立营、一个独立连，官兵总数超过一个正规军的编制。蒋介石对之十分重视，将其作为御林军使用，如今，桂永清当上了队长，不知令多少人眼红。
淞沪会战失败后，日军已经兵临南京城下。蒋介石决定，以中央军坚守南京，与日军抗衡。而教导总队，由于其本身具有御林军性质，故不编入战斗序列，而是随国民政府一并撤向汉口。
桂永清却向蒋介石主动请战，他抱怨中央军各主力都轮番上阵了，而教导队却一直掖着藏着，好像他们是陶瓷做得，经不起摔打。蒋介石不得不吐露心声：“教导队乃是国军精华，不是普通士兵，是未来的军队骨干，每伤亡一个人，其损失甚至超过一个班，一个排。”
而桂永清却坚决要求立即参战。他在总队部召集营长以上军官开会，说：“眼下我们有两个选择，一个是到后方去扩军，一个是到前方去作战。我们教导总队不但享受国军中的优厚待遇，而且装备都是全新德式。现在，我国军队不分党派，请缨杀敌，而我们却去后方扩编，扪心自问，岂不惭愧？‘养兵千日，用兵一时’，保国卫民责无旁贷。我们究竟是上前线作战，还是到后方扩军，请各位发表意见。”结果，全体同意立即开赴战场。于是，教导队在战场上初露光芒。
１９３７年冬，教导总队大部兵力调往上海作战，进入苏州河八字桥，接替胡宗南第一军的防线。桂永清亲自督战，阻止日军强渡苏州河。战斗十分激烈，教导总队伤亡逾万。由于日军已由金山登陆，教导总队乃作战略撤退。
１１月２５日，国民政府所属各机关都已迁徙到武汉或重庆去了。１１月２９日，蒋介石亲自带着唐生智、罗卓英、周斓、王敬久、孙元良、宋希濂、桂永清、邵百昌等人到紫金山、雨花台、狮子山炮台等处视察了南京的阵地。
１２月初，日军强攻南京，教导总队奉令据守紫金山、天堡城、光华门等处。
在南京保卫战中，紫金山由教导队负责镇守，这里也是日军攻城的第一个火力点。日军一上来就狠下杀手，直接向我军阵地释放毒气，企图乘隙攻上山峰。情况紧急，教导队总营长罗雨丰跳将起来，冲入敌阵，展开了血肉横飞的白刃战。桂永清催动部队，迅速从侧翼向敌军压迫。在拼死抵抗了三天之后，教导队终于不支而退，罗雨丰营几乎全部殉阵。
桂永清始终在前线指挥，直到１２月１１日蒋介石下令撤出南京，教导总队才分别由徐州撤退，在皖南突围，到武汉集中。桂永清是最后撤出南京城的。当他赶到三汊河的时候，几十万溃军蜂拥江边，争相逃命。哀号声呼救声不绝于耳，数以千计的士兵惨遭剿杀。桂永清痛心不已。
桂永清率领残部，渡过长江，到达汉口，向蒋介石请罪，要求处分。蒋介石皱起眉头，此战失利虽是大势所趋，不能怪罪到桂永清一人头上，所以就先不提处分了。但是整个教导队打得不成样子，蒋介石还是十分伤心，也有不满。
不久，桂永清奉命带领残部到河南整休。有一天，蒋介石突然召见桂永清，要他组建第二十八军，驻防郑州。桂永清感到这是蒋介石对他的器重，自己当将功补过，披肝沥胆地为校长效劳。到达开封后，桂永清招兵买马，组成第二十八军，下辖第三十六、第四十六、第一六和炮兵四个师。桂永清担任第二十八军军长。蒋介石下令该军划归第一战区指挥，驻守陇海路，防卫开封。４月，第一战区副司令长官薛岳，命令第二百师副师长邱清泉、第二十八军军长桂永清率部前往兰封县阻击日军进攻武汉，当二人赶到兰封后，桂永清不屑一顾地对人说：“这些敌人算得了什么！看我们来打它个落花流水。”果然，他打了一场小胜仗，于是更是忘乎所以，将其夸大为“兰封大捷”。
１９３８年，国民党军事委员会成立“战时干部训练团”，蒋介石自兼团长，陈诚以副团长而主其事。陈诚看中桂永清在军事训练上的一套方法，保荐他为训练团教育长。
１９３８年５月，日军土肥原部渡过黄河，径取兰封一带，截断陇海线，引起了整个战局的动荡。蒋介石大怒，调集了１５个师约１５万人的兵力，将土肥原师团两万人马压缩在罗王寨、曲兴寨一带，准备打一场歼灭战。
第一战区决定合围兰封，进行豫东战役，第一战区司令长官程潜令黄杰的第八军驻守商丘。西边的兰封、考城一带，蒋介石则亲自点将，令桂永清第二十八军守防，以阻止日军西进。蒋介石钦点，这是何等的光耀啊，桂永清想着一定要好好完成任务，不能辜负了蒋介石的信任。
等二十八军军部抵达罗王殿时，接到程潜来电：有一加强旅团之敌，窜入兰封城，该军改为攻击兰封，务将该敌歼灭。桂永清立即命令第三十六师攻击兰封城东、北两门，第四十六师攻击兰封城西、南两门，第一六师为预备队，炮师掩护步兵攻城。
此时，蒋介石来电，限定该军在两天之内攻克兰封，否则军法从事。第二天上午，桂永清指挥全军发动攻击，遭到敌军的顽强阻击。下午５时，程潜来急电：“委员长亲临郑州指挥。”７时，接到蒋介石打来的电话，命令第二十八军加紧攻城，不得延误。
次日上午蒋介石又来电话：“限二十八军日内攻克兰封，逾时不克，惟军长是问。”
桂永清当即召开师以上军官紧急会议，研究作战方案，并限当晚攻克兰封。
第三天，蒋介石一连数次电话询问战况。桂永清不敢待在军部，亲自到第一线督战。这时，第四十六师第一旅旅长李昌会负伤，第三旅旅长马威龙阵亡，第二旅旅长下落不明。桂永清赶到第四十六师，与师长李良荣共同督战。在战斗激烈时，敌军从南门突围向考城逃窜。
当蒋介石严词责问时，桂永清说：“此次攻战，旅长一死二伤，团长伤亡各二名，营长阵亡九名，连以下官兵伤亡五千余人，已竭尽全力，我在第一线督战，仍未能完成歼敌之任务，有负校长的使命，请予处分。”
在豫东战役中，桂永清所部一个旅擅自撤离兰封城，使开封、郑州面临日军的直接威胁，也使得国民党军事当局制定的兰封会战计划大大受损。国民党精锐部队近１５万人，未能歼灭被围困的土肥原师团近３万人。
蒋介石心里虽然不满意，但是这时正是需要用人的时候，处分也不是什么办法，还是眼下的战事要紧，于是命令桂永清迅速撤退到郑州以西待命。第二十八军开到开封时，守军商震部已经撤走。他们撤到中牟时，国民党空军正在轰炸花园口的黄河大堤。
蒋介石在前线的时候未追究桂永清的罪责，但不久之后就给之以颜色。桂永清到达洛阳白马寺时，接到蒋介石的电令：“二十八军攻击兰封不力，军长桂永清撤职。三十六师师长龙慕寒玩忽职守，攻城不力，而且放走敌人，着即押送武汉处决。四十六师师长李良荣革职留任，戴罪图功。一六师师长沈克追击不力，改任副师长。”
第二天，蒋介石又来电：“桂永清仍回任战干团教育长。”
不久，桂永清到武汉去见蒋介石，并未受苛责。他为龙慕寒求情也未获允。蒋介石只说将二十八军交给胡宗南指挥，仍派桂永清任“战干团”教育长。此后，随着战局的转移，“战干团”由武汉迁到湖南，再迁四川。
“战干团”在四川酿綦江惨案，桂永清为避风头担任驻德武官，无意间套出惊天秘密。不久桂永清又任驻英国军事代表团团长，留心学习海军业务，为回国打下基础
“战干团”到四川后，有几百名青年因要求民主，要求团结抗日。１９４０年６月上旬，桂永清等人制造所谓“共｜｜产党暴动”一案，在“战干团”内蒋介石的文臣武将大肆搜捕、严刑拷打所谓“共｜｜产党”学生，秘密屠杀二百多人，拷打致残四十余人，造成綦江惨案，举国震惊。
桂永清的暴行一经曝光，遭到了全国舆论的严厉谴责，国民党当局的形象再次受损，蒋介石对此十分恼怒，冲着陈诚发火：“桂永清这个人成事不足，败事有余。”
迫于压力，国民政府军委会授命张治中前往綦江处理，将首事人员押交军法机关查办，立即释放尚在关押的学生，并予以慰问。不久，在巨大的社会压力下，蒋介石下令将战时干部训练团各团予以撤销。重庆政府被迫改组军委会政治部，由张治中继任政治部主任，桂永清受免职处分。从此桂永清被打入冷宫。
桂永清被打入冷宫也让陈诚内心不安，于是想替他安排个出路。当时蒋介石向希特勒抛媚眼，不仅因为国民政府与德国在军事、经济领域有多项合作，而且蒋介石还想利用德国给日本施压。一时间，对德工作显得十分重要。鉴于桂永清在德国学习过，由他担任中国驻德使馆武官是不二人选。
但是桂永清对于这项任命似乎并不感兴趣，以他的资历，到哪里都至少弄个军长干，镇守一方，何其威风。区区驻外武官怎能入得了他的法眼。而且，远离了国内舞台，恐怕日后的升迁也是大有问题的。
桂永清到了德国，开始了他在二战中的军事外交生涯。他的工作也不过就是与德国军界人物喝喝小酒，拉拉关系，没曾想还套出了一个大秘密。
大概是１９４１年４月左右。桂永清像往常一样跟一个德国军官推杯换盏，几杯之后已是醉意微露。说到中国的未来，桂永清表示十分担忧，除了日本这一劲敌之外，苏联甚至比日本更危险。德国军官大手一挥，连连摆手，表示苏联不足以成为危险，不久之后，这个共｜｜产党国家就要被德国的机械化部队碾压于履带之下。桂永清假装很惊奇，追问缘由。德国军官一脸神秘地告诉桂永清，他们的元首希特勒已经打算彻底解决苏联问题，而且马上就要动手，６月２２日的德国大炮将证明一切。
桂永清如获至宝，马上把这一消息通知了国内。蒋介石对此将信将疑，于是指示财政部长孔祥熙等人在重庆举行茶话会招待德国驻华人员，以打探消息，得知德国政府最近在军事行动上确实会有大动作。
不过当时出席茶话会的人很多，还有国民党要人及一些社会贤达，打入国民党军事委员会的中国秘密党员阎宝航也在场，他从出席茶话会的国民党元老于右任那里得知了这一消息。于是，中共立即将这一消息通知了苏联。本来苏联早就听到了一些风吹草动，而如今中共的情报则是进一步的确证。苏联高度重视并立即行动起来。后来的事实证明，这份情报是准确的。
战争爆发后，斯大林还专门给中共发来电报致谢：“感谢你们提供了德国进攻的情报，使苏联提早进入战备。”追根究底，桂永清也算是做了一件好事。
太平洋战争爆发以后，重庆当局与德国断绝了外交关系，桂永清的任务也就结束了。不过此时蒋介石还不想启用他，又让他留驻瑞士，继续观察欧洲的军事形势。
１９４４年，第二次世界大战已近尾声，同盟军在军事上的联系和合作不断增加，重庆当局决定派一个军事代表团驻在英国。在团长人选上，何应钦极力向蒋介石推荐桂永清。蒋介石拍板，桂永清便以中国政府驻英国军事代表团中将团长身份，于１１月３０日前往英国伦敦。
陈诚一直没有忘记关照被蒋介石冷落的桂永清，百忙之中还托人给桂永清捎来口信，嘱咐其不要荒废时光。大英帝国乃是海上霸主，应该在英国的这段时间多多研究海军体制和海军教育。他还向桂永清透露，自从太平洋战争爆发以后，由于盟军的参战，这场仗肯定要打赢了，战后必定会整顿中国海军。中国海军过去一直被掌控在“闽系”手中，黄埔系无法染指，这也是蒋委员长的一块心病。为什么黄埔系不能当家呢？主要原因还是黄埔系没有海军专家。所以，陈诚希望桂永清能够未雨绸缪，在海军领域占得先机。
本来桂永清长期被冷落，几近心灰意冷。但是陈诚的关照和嘱托让他又看到了希望。于是他凭借同英、美的联合参谋部保持联络、互通情况的工作关系，利用有利条件，十分注重与英国军方高层人物接触，对英国海军的体制和教育训练方面了解尤深。
不久，中国派遣一批年轻的海军下级军官到英国接受培训，重庆当局指令桂永清对这些青年军官就近加以节制和管理。桂永清从此打下了以后统率海军的基础。
抗战胜利后，桂永清被任命为海军总司令。在桂永清的大力整治下，海军规模迅速扩大。桂永清耀武扬威、得意忘形，向蒋介石夸下海口：“共｜｜产党奈何不得！”
１９４５年，抗日战争胜利后，英国政府将几艘已经超龄的军舰无偿送给中国。桂永清作为重庆当局的代表，接受了这批赠舰。他还通过各种方式，同英国海军中的一位军官建立了密切的联系。
１９４５年年底，陈绍宽由于对蒋介石准备发动内战非常愤懑，更不愿意自己破坏“双十协定”，做出反共反人民的举动，拒不执行蒋介石发动内战的命令，从而被免去海军总司令职务，海军司令部撤销，改为由军政部直辖的海军处，由军政部部长陈诚兼海军处长。
不久，蒋介石接受美国人的建议，按照美国的架构成立国防部，海军处升格为海军总司令部，仍由陈诚兼任海军总司令。
当时的陈诚可谓红得发紫，除了担当国防部参谋总长外，还挂名海军司令，实在难以兼顾，于是向蒋介石推荐桂永清为海军副总司令，代行总司令职权。
在副总司令人选上，蒋介石的亲信、特务头子戴笠很感兴趣，曾多方奔走，似乎很有希望入选。据说，他的飞机失事就是由于想赴上海拜会美国海军上将柯克，因此不顾雷雨天气，结果却中途丧命。
老天为桂永清除掉了一个竞争对手，桂永清以其在军界的资历，在蒋介石集团中的地位，以及其驻英期间在海军建设上的一些“贡献”，被陈诚推荐为副手。蒋介石先前对桂永清虽然有些不大满意，但是毕竟已经把他在国外晾了几年，惩罚得差不多了。而且，毕竟桂永清还是黄埔一期生，又是黄埔将领中唯一懂海军的人，蒋介石便把过去的不满揭了过去，不出几个月，又任命其为代理海军总司令。到１９４６年，国民政府正式任命桂永清为海军总司令。
新官上任三把火，桂永清上任后，即大力整顿海军。他采取了几个步骤：一是选拔一批中年海军军官去英、美培训，作为舰长或艇长的人选；另选派一批年轻海军军官分赴英、美学习，以作基干力量。二是从陆军的老部下中，选调一批人进入海军，作为陆地基干力量。舰艇上均配备陆军人员担任督训官或政训员，外界议论为“陆战队下海”。
与此同时，桂永清对海军系统的机构进行大幅度调整。如撤销江阴海军教导总队，改组为地面警卫总队，将海军修械所改为修理厂，将江南造船厂改为海军造船所等等。这时，国民党海军的舰艇有三万多吨位，其中巡洋舰三艘、驱逐舰五艘、炮舰十余艘及登陆艇几十艘。
陈诚一直企图黄埔系独揽海军。桂永清在陈诚的授意下，便开始在海军中建立以自己为中心的新派系——黄埔陆军派，排斥闽系。桂永清上任，也带来一大批对海军一无所知的陆军亲信人员，突击提拔，把持、控制了海军司令部的政工、财务、军需、军法等要害部门。桂永清上任后不久，海军司令部５１４名官佐中，闽籍军官仅剩下了９２人，陈绍宽时代五股占了四股，而现在却不到一股。
在陈绍宽主持海军时，是不允许国民党特务在海军中肆意活动的。桂永清上任后却反其道而行之，下令在海军司令部和各舰队内设立新闻处或政工处。熟悉国民党军队内情的人都知道。新闻处、政工处是蒋介石设在军队中公开的特务机构，专门用以监视各级官兵的举动。
从此后，桂永清不仅纵容国民党特务在海军中大肆活动，更为恶劣的是，为排斥异己，他还利用这些特务逮捕、暗杀一些不肯对他唯命是从的海军官员。就连林祥光、魏济民这样的海军名将也难逃厄运，特务们按照桂永清的旨意，给他们胡乱编造了一个罪名，逮捕关押起来。驻青岛的美国海军将领曾为林祥光说情，但毫无作用，他们大惑不解地说：“一个出色的海军将领怎么一夜之间就成了囚徒呢？”
到１９４８年，国民党海军已有现役军舰４２８艘，总吨位约为１９万吨，海军官兵达４万余人。随着舰艇和人员的增多，桂永清重新编组了海军舰队，其方法是：以具有现代快速火力和新颖的航行设备的舰艇，编为海防舰队；以吨位较轻，不适合远洋航行的舰艇，编为江防舰队；以载运量较大，续航能力强，适于运输兵员和军用物资的舰艇，编为运输舰队；其他１００吨以下的小型舰艇，统一编为９个炮艇队。
蒋介石在桂永清陪同下检阅海军
经过重新编组后，国民党海军海防舰队计有各型作战舰只２３艘，总排水量为３６６１０吨；江防舰队计有大小舰船１７艘，总吨位７９４６吨；运输舰队计有舰艇１６艘，总吨位３７２１０吨；炮艇队总计有炮艇３３０艘。炮艇队主要担任各港湾、浅水区和江道的巡逻。
时隔不久，桂永清根据海军扩张的情况，又把舰队改编为海防第一舰队、海防第二舰队、江防舰队、海岸巡逻艇队以及第二三至第十炮艇队。每一个舰队下又分为几个支队，每个支队平均配有３艘以上军舰。
海军规模迅速膨胀，人员剧增，对海军官兵进行训练，以提高作战能力，成为当务之急。由于国民党海军在最初是由各地军阀所属海军为主组建的．所以海军原来的训练模式很不统一。闽系、粤系海军的训练是英国式的，东北海军的训练是日本式的，电雷学校的训练是德国和意大利式的。
桂永清根据当时国民党海军大量接收的是美国海军舰艇这一实际情况，决定聘请美国海军顾问，对国民党海军官兵进行训练。桂永清采取的第一个重要措施，就是在青岛成立了“中央海军训练团”。这个训练团设有美国首席顾问室，由美国海军的戚丁福恩上校任首席顾问。此外，还设有主任室、机要室、秘书室、参谋室、副官室、总务课、训练课、机务课等机构。
“中央海军训练团”成立后，桂永清饬令全国各地，调集在抗战期间弃海上陆、散居各地的原海军官兵前来受训。同时还调来福州马尾海军练营，江阴、广州等处练营官兵五六百人来团报到。全部受训官兵编组成若干队，每队都按军舰上的编制，配备有舰长、副舰长、轮机长、航海官、枪炮官、轮机官、轮机员、无线电官、电讯员等，还有航海、轮机士兵各四五十名，实行“即训即练”、“即练即用”的原则，采取“一对一”的教学方法，即以美国海军舰长教国民党海军舰长、美军副舰长教国民党海军副舰长、美军轮机长教国民党海军轮机长，其余的部门也都依此类推。所教授的内容也是国民党海军向所未有的两栖舰队技术，主要是学习如何驾驶、操纵登陆艇。受训的国民党官兵在登舰之前，先在陆上接受登陆艇上各种设备及操纵技术的初步训练，登舰后再作实地练习，达到操纵自如。第一批受训的军官为２２５名，士兵１６００名，８个星期结业后，即着手接收美国海军赠送的登陆艇。
桂永清之所以成立“中央海军训练团”，以及首先邀请美军顾问培训国民党海军两栖舰队技术，完全是为了配合蒋介石发动全面内战，适应蒋介石向全国各地大量输送军队的需要。
桂永清训练海军采取的另一个重要措施是成立海军军官学校。１９４７年４月２５日，按照桂永清的命令，在上海的“中央海军军官学校”与在青岛的“中央海军训练团”合并，改称“海军军官学校”，迁入青岛，也称“青岛海军军官学校”，它成为培养国民党海军军官的唯一一所养成教育机构。
“青岛海军军官学校”也聘请美国人当顾问，帮助训练。该校的普通课程如数理、工程、文史等，聘请山东大学教授担任；海军课程则以部分海军军官和美国顾问担任。招考的学生必须有高中毕业的学历，学制四年零三个月，即三个月军训，二年基础课，二年海军专业课程及上舰实习。此外，海军军官学校还开办了接舰训练班和补充军官训练班，学制较短，招收有一定军龄的初级军官和士官，以解决国民党海军大规模扩充后初级军官不足的问题。
桂永清仅用了一年多一点的时间，便将国民党海军的规模扩大了数倍，蒋介石十分满意，一再夸奖桂永清会办事，有能力，并于１９４７年７月正式任命桂永清为海军总司令。
毕竟是外行领导内行，海军的规模虽然扩大了，但是战斗力却未见长。海军中的老派人物和新派人物矛盾重重，勾心斗角，搞得乌烟瘴气。当时，英美等国毫不客气地讽刺中国海军是“养在金鱼缸里的金鱼”，桂永清则是“混在金鱼缸里的总司令”。
对于正在建设中的国民党海军，未待各方面工作全部就绪，蒋介石就迫不及待地责令桂永清率领海军投入内战。由于当时人民解放军的武器装备比较落后，根本就没有海军和空军，国民党海军在江海上遇不到正面交战的对手，因此，桂永清的气势十分嚣张，指挥海军四面出击，对沿海解放区的安全和水面交通构成了极大的威胁。他曾向蒋介石夸下海口：就凭着“重庆”号，可以从长江头打到长江尾，共｜｜产党奈何不得！
桂永清主持拟订的国民党海军１９４７年的作战方针是：“突击匪区港口，封锁匪区海岸，分区加强巡弋，控制长江全域。”这一作战方针得到蒋介石的批准。然而，不过半年时间，蒋介石发动的对山东解放区的重点进攻便以失败而告终。国民党军在解放军的有力打击下，丧失了大量有生力量，不得不节节后退。
辽沈战役时，蒋介石想派海军壮声势，便派遣英国人赠送的“重庆”号巡洋舰赴葫芦岛助战。随着锦州被林彪攻克，国民党军队败相毕露开始溃逃。１９４８年１０月３０日，桂永清奉蒋介石之命调舰船赴东北，掩护在营口的刘玉章第五十二军撤退，他亲自坐镇在“重庆”号战舰上指挥。这时，解放军已将营口包围，并准备对撤逃的第五十二军发动猛烈攻击。
军长刘玉章连电告急，并说舰船已到营口外海一天多，为什么不进港。东北“剿总”副总司令杜聿明打电报给桂永清，他复电说：“船已进港，正亲自指挥掩护撤退中。”实际上，桂永清在得知解放军已包围营口的消息后，便不敢再派军舰进港了。他知道，东北野战军从国民党军队手中缴获了许多美国造的大口径火炮，他惧怕解放军的炮兵向他的军舰开炮，便将舰队停在了外海，不敢靠近营口港。
在杜聿明三番五次地催促下，直到１１月１日，桂永清才将后来的一只登陆艇及招商局的另一艘小商船驶入营口港。第五十二军在撤退中争先恐后，拼命抢先登船。有些落在后头的部队，当他们逃到海边时，桂永清指挥下的海军，把他们误当成了解放军，随即开炮轰击，被打死不少人。官兵们痛骂：“蒋介石、桂永清无良心，自己打自己。”
１１月２日，解放军已逼近港口，炮火对登陆艇和商船构成了威胁。桂永清顾不得岸上还有１４万名没有上船的部队，下令各舰船起锚离港。
仗着船坚炮利，在“重庆”号的掩护下，一部分国民党败兵得以逃生。桂永清便有些洋洋自得，以为自己就是“海上霸王”。桂永清到葫芦岛后，自吹自擂说：“这次营口撤退，共军追得很凶，一直追到海边，不是海军掩护的话，第五十二军会全军覆没。”意思要杜聿明电请蒋介石表扬他的“功劳”。从葫芦岛撤回上海的途中，桂永清更是耀武扬威，横冲直撞。
这年１２月２５日，中共权威人士声明要逮捕４３名战犯，桂永清是其中最主要的战犯之一。为了给自己留下一条逃生之路，他特指使亲信，控制一艘快艇和一艘护舰艇，以便逃脱时之急需。
１９４９年年初，人民解放军大军南下。桂永清忠实执行蒋介石的指示，积极做好江防部署，以确保长江天堑，阻止解放军渡江。他在海军高级将领会议上表示：“受命于危险之际，当尽全力效忠领袖。”先后调动了第二舰队和江防舰队共１３０艘舰艇，配属汤恩伯集团担负湖口至上海段沿江防御，以及配属白崇禧集团担负宜昌到湖口段江防和守备武汉的任务。他还密电英国远东舰队司令布朗特，要求其“伸出友谊之手”。
但大势已去，国民党政权岌岌可危，一切已经于事无补。
